В 1996 году, год спустя после событий предыдущей картины, игра «Джуманджи» попадает в руки подростку Алексу, но настолка ему не интересна — на дворе заря эпохи консольных видеоигр, поэтому игра превращается в картридж для игровой приставки. Алекс начинает игру и пропадает в ней, попадая в мир Джуманджи.
Двадцать лет спустя четверо старшеклассников Спенсер, Энтони, Бетани и Марта в качестве наказания оставлены в выходной день приводить в порядок подвал школы. Они обнаруживают старую приставку и решают запустить игру. После выбора аватаров и запуска четвёрка также попадает в джунгли мира Джуманджи. Сознание подростков оказывается в телах выбранных персонажей игры: археолога доктора Смолдера Брэйвстоуна, зоолога Франклина Финбара, «пышнотелого гения» Шелли Оберона и наёмницы Руби Раундхаус соответственно. Игроки понимают, что обладают знаниями и слабостями своих аватаров, и что у них есть всего по три жизни на прохождение всех уровней, а потеря всех жизней в игре означает смерть в реальности.
NPC, учёный Найджел Биллингсли, рассказывает им, что задача игры состоит в том, чтобы освободить мир Джуманджи от проклятия, вернув драгоценный камень «Глаз ягуара» туда, откуда он был похищен, при этом прокричав слово «Джуманджи». Камень, дающий власть над всем живым в игре, также хочет заполучить обратно профессор Ван Пелт, бывший коллега Брэйвстоуна. Найджел передаёт четвёрке украденный у Ван Пелта камень и карту, которую, как оказывается, может читать только картограф Шелли.
Оторвавшись от приспешников Ван Пелта, герои игры изучают карту и находят деревню и базар. Здесь им подсказывают место перехода на следующий уровень. На базаре героев поджидает засада, но здесь они встречают пятого игрока: Джефферсон «Гидроплан» Макдона, поставив дымовую завесу, помогает им вырваться из деревни через подземный ход и пещеру.
Макдона рассказывает, что застрял в игре на два месяца, тогда как четверка понимает, что он — пропавший много лет назад Алекс Рик, бывший житель их города. Он не может пройти на следующий уровень и у него после нескольких попыток осталась всего одна жизнь. Ребята рассказывают, что за пределами игры прошло двадцать лет, но теперь, впятером, они смогут вместе закончить игру.
На следующем уровне герои завладевают вертолётом и прорываются к горе. Макдона едва не гибнет от укуса комара, но Шелли отдаёт ему одну свою жизнь. Дальше на их пути снова встаёт Ван Пелт со своими приспешниками и ягуарами. Ребятам помогает слон, который подчиняется Франклину. Руби со Смолдером вставляют камень на место. Единственный способ это сделать был только потратив их последние жизни. Ван Пелт погибает, превратившись в тысячу крыс. Четверо подростков возвращаются из игры обратно в подвал школы и свои тела, а Алекс Рик возвращается назад в своё время, в 1996 год; в нашем времени он встречает ребят уже будучи взрослым человеком. Спенсер, Бетани, Фридж и Марта уничтожают игру.