Я столкнулся с такой проблемой, которая на протяжении долгого времени оставалась для меня не решенной.
После обновления очередной версии REAPER, если я пытался горячими клавишами сохранить проект, и при этом было открыто окно эффектов какой-либо дорожки, то выскакивало окно сохранения цепочки эффектов, которая стояла в данном треке вместо того, чтобы сохранить сам проект. Приходилось сначала кликать на главное окно, и тогда уже горячие клавиши срабатывали. Ни в настройках REAPER-a, ни на youtube, ни на форумах мне не удалось найти ответ на свой вопрос. Но он случайно нашелся сам собой, и оказался весьма прост.
1. Нажимаем на значок FX любой дорожки. Если на этой дорожке уже висят какие-то плагины, то откроется окно с этими плагинами, если нет - то REAPER открывает автоматом еще одно окошко с выбором плагинов. В первом случае идем сразу к пункту 2, а во втором случае закрываем окошко с выбором плагинов и идем к пункту 2.
2. Кликаем мышкой по заголовку окна плагинов, чтобы сделать его активным. В верхней строке меню REAPER будут отображаться вкладки "REAPER", "FX", "Edit", "Options", может в дальнейшем еще какие появятся. Заходим во вкладку "Options" и нажимаем Ignore FX chain keyboard shortcuts (send to main window). Напротив этого пункта появится галочка, а горячие клавиши теперь при открытом окне плагинов будут действовать применительно к главному окну REAPER.
Надеюсь, кому-то это оказалось полезным. Пример был приведен применительно к MAC OS, но, думаю, на Windows будут примерно те же действия.