Модель флагманского спортивного мотоцикла Yamaha YZF-R1 была впервые представлена 15 сентября 1997 года на выставке EICMA в Милане. Данный мотоцикл стал последователем Yamaha YZF1000R Thunderace (несмотря на то, что обе модели какое-то время выпускались параллельно, Thunderace стал позиционировать на рынке в качестве спорт-туриста), получившим новую раму, новое поколение двигателя Genesis, вилку перевернутого типа и улучшенные характеристики для трека - эргономика, снижение веса, улучшение управляемости, повышенная мощность двигателя.
К 2000 году модель Yamaha R1 претерпевает свой первый рестайлинг. Несмотря на то, что визуальных изменений практически не было, модель существенно отличалась от прошлого поколения. Снаряженная масса снизилась на 4 кг, выхлопная система стала титановой, улучшилась аэродинамика (на 3%), изменилась форма лобового стекла (для лучшей ветрозащиты пилота), топливный бак получил более удобные выемки для ног, изменилось сиденье и положение подножек (для смещения развесовки вперед), изменился двигатель и трансмиссия: распредвалы получили дополнительные масляные каналы, уменьшились зазоры толкателя (все это привело к снижению трения и шумности двигателя), КПП получила полностью переработанную систему переключения (решилась проблема с КПП, присущая ранним версиям R1).
