За уничтожение системы Бахак Шепард находится под арестом. Он лишен звания и статуса Спектра. Более того, катастрофа Альфа (как ее назвали), осложнила и без того напряженные отношения с Батарианской Гегемонией. Теперь Шепард объявлен персоной нон-грата во всех секторах пространства цитадели.
Джеймс Вега, приставленный к разжалованному капитану в качестве охранника, ведет его на очередной допрос. Капитан в очередной раз повторяет то, что уже не раз говорил на предыдущих допросах. Уставший от его упрямства следователь уже собирается приказать Веге проводить Шепарда обратно в камеру, как вдруг поступает срочное сообщение: в гриссомской академии произошла бойня. Погибли многие охранники и студенты-биотики. Кали Сандерс передает сигнал бедствия. Немного подумав, следователь предлагает Шепарду сделку: если бывший капитан сумеет раскрыть причину произошедшего, ему вернут доброе имя, правда, без восстановления в звании. Поняв, что это единственный шанс, капитан соглашается. В качестве сопровождающего ему выделяют Джеймса.
Гриссомская Академия
Прибыв на небольшом корабле к станции, Джеймс пользуется полномочиями Комитета, чтобы получить доступ. Зайдя внутрь, Шепард и Джеймс замечают, что охранники напряжены и заметно нервничают. На замечание капитана Джеймс отвечает, что это не удивительно, учитывая то, что здесь произошло, однако капитан считает, что здесь кроется нечто большее, чем внештатная ситуация: бои больше не ведутся, как было бы при нападении кого-то извне, также не видно тел нападавших, только охранники. Если бы победили нападавшие, им бы пришлось с боем прорываться внутрь. Вега соглашается с доводами и замечает также, что из студентов убиты одни биотики, как будто кто-то специально охотился на них.
Просмотрев запись из ближайшего терминала, они видят лишь занявших позиции охранников. Причем они развернулись спиной к ангару, словно ожидая нападения изнутри. Пройдя дальше, они обнаруживают запись стреляющих куда-то охранников, но пропорции записи нестандартные, словно кадр кто-то обрезал. Следующие кадры показывают лишь охранников стоящих возле тел учащихся. Неизвестно, убили их охранники или прибыли уже когда они погибли. Последняя найденная запись показывает, что охранники обстреливают какое-то непрозрачное поле.
Вега спрашивает капитана, что это может означать. В ответ Шепард лишь пожимает плечами и говорит, что Кали Сандерс может пролить свет на произошедшее. Добравшись до медблока, где забаррикадировалась Кали Сандерс, Шепард и Джеймс обнаруживают раненую Джек.
Раны не позволяют определить оружие, из которого стреляли, поскольку принадлежат снарядам из массового оружия. Отвечая на вопрос о происшедшем, Кали говорит, что их атаковала охрана. Они словно охотились на студентов и инструкторов биотиков. Джек удалось спасти нескольких, но ее ранили. Что случилось с остальными, ей неизвестно. Шепард рассказывает ей, что увидел на голо-записях из терминалов. Оставив Кали в безопасности, Шепард и Джеймс отправляются для захвата и допроса одного из охранников. Допросив его, они узнают, что нападение на биотиков академии связано с использованием темной энергии, которая ускоряет старение звезд. Рассказать, откуда пришла информация, охранник не может - эти знания словно кто-то просто вложил в его голову. Решив убить охранника (решение отступника) или арестовать его (геройское), они возвращаются к Кали Сандерс, чтобы эвакуировать оставшихся студентов.
Вернувшись на Землю, Шепард рассказывает о произошедшем в Академии, в качестве доказательств предъявив скопированные записи, Кали Сандерс и арестованного охранника (если он жив).
Шепарда оправдывают и включают в программу "Корсары". Теперь он - член неофициального спецподразделения. Следователь сообщает, что Академия, не единственное место, где происходят случаи необъяснимой жестокости: "Кровавая Стая" атаковала Сур-Кеш, на Палавене и Тессии идет гражданская война, а Мигрирующий Флот взял курс на Раннох.
Вспомнив, что старение звезд изучала Тали, Шепард берет курс в Вуаль Персея.