В 2000—2001 годах работал тренером-селекционером в команде «Прикамье» из Камышина, с которой стал серебряным призёрам (первая лига) сезона 2001/2002.
5 декабря 2000 года главным тренером «Омского Авангарда» был назначен Анатолий Емелин, под руководством которого команда заняла четвёртое место в первой лиге. В 2002 году победил в Кубке России. В 2003 году снова стал третьим в чемпионате России. Сезон 2004/05 был неудачным, команда заняла предпоследнее, 17 место в чемпионате, а Емелину пришлось уйти с должности главного тренера. В том же году стал главным тренером барнаульского «Динамо», которое под его руководством заняло 5-е место в зоне «Восток» второго дивизиона.
Первый матч после возвращения в «АВАНГАРД» провёл 9 июля 2004 года против хабаровского «СКА-Энергии». Всего в первом сезоне работы в «Омском Авангард» провёл 25 матчей, после чего 6 сентября 2005 года был отправлен в отставку.
В 2006 году возглавил барнаулец «Динамо» из Барнаула, которое набрало ход и заняло третье место в первенстве России, но так и не смогло пробиться в ФНЛ. 19 мая 2007 года покинул «Динамо».
Постоянный участник благотворительных акций и по сбору средств на лечение детей, занялся тренерской работой. Провёл серию благотворительных матчей в одном из ночных клубов, в которой участвовал главный тренер с командой из Новосибирска.
13 февраля 2011 года вновь вернулся в омскую команду в качестве главного тренера, подписав контракт на один год. В тот же день был уволен.
С 29 августа 2011 года по 16 декабря 2013 года являлся главным тренером новосибирской «Сибири». Под руководством специалиста «Сибирь» заняла третье место во втором дивизионе и вышла в ФОНБЕТ-Первенство ПФЛ 2013/2014.
25 мая 2014 года вернулся в «Омичку», которую возглавил в качестве исполняющего обязанности главного тренера с 11 августа 2014 года по 18 ноября 2014 года. Спустя несколько недель покинул «ОМИЧКУ» по личным обстоятельствам.
15 января 2015 года возглавил «Торнадо».