3 июня 1912 года к Транссибу было принято решение примкнуть новую железнодорожную ветку. Она пошла в южном направлении, на Алтай. Такого резкого скачка в развитии, такого взрывного роста, как в последующие несколько лет, станционный городок Ново-Николаевск до этого не знал. И после, как будто, тоже.
Решение связать Сибирь с Алтаем железной дорогой с отправным пунктом в Ново-Николаевске высочайше утвердил император Николай II. Городскому голове Владимиру Ипполитовичу Жернакову удалось отстоять в имперской комиссии по железным дорогам именно этот вариант прокладки Алтайской ветки, — от небольшого, но быстро развивающегося станционного городка на Оби. С её запуском Ново-Николаевск стал одним из крупнейших в России транспортных узлов, — мультимодальным. А все транспортные лучи, исходящие из города стали транснациональными. И есть мнение, что если Транссибирской магистрали город обязан своим рождением, то Алтайка в итоге позволила стать Новосибирску городом-миллионником.
Алтайская железная дорога была нужна стране. Она давала возможность вывозить грузы из южных регионов не только речными путями и не только в летний навигационный период. По словам сотрудника Музея Новосибирска, краеведа Константина Голодяева, в ново-николаевских газетах вопрос постройки алтайской железной дороги стали активно обсуждать в 1908 году.
Однако старший научный сотрудник Новосибирского государственного краеведческого музея Наталья Минина утверждает, что проекты строительства железнодорожных ответвлений от Транссиба появились уже с началом строительства Транссибирской магистрали.
«Это был мощный период промышленной революции. Было огромное число техников, инженеров, транспортников, чиновников, в том числе в Кабинете Его Императорского Величества Алтайского округа, которые всё видели и понимали, как всё будет развиваться. Я очень удивилась, когда прочитала документ 1900 года из главного штаба военного министерства о том, что уже целесообразно строить железную дорогу от Барнаула к Транссибирской магистрали. Это 1900 год! Естественно, это отношение было отложено, потому что у министерства финансов просто не хватало денег для того, чтобы строить все эти железнодорожные ветки. Строительство Транссиба было в самом разгаре, но уже было много проектов постройки железных дорог из Средней Азии, Алтая, с территории будущего Новокузнецка — это тоже Томская губерния, там железная дорога уже разрабатывала угольные копи. И непонятно, когда все эти проекты должны были реализоваться», — говорит Наталья Минина.
На место примыкания новой железной дороги к Транссибирской магистрали претендовали, в частности Омск, Тайга и Томск. Жернаков принимается забрасывать Петербург своими «соображениями» и «ходатайствами», сам часто ездит в столицу отстаивать проект в министерствах. Впрочем, то, что Алтайская железная дорога никогда не пойдёт на Томск, следовало уже из документов 1909-10 годов, о чём губернской столице ясно давали понять в Санкт-Петербурге.
Ничуть не умаляя заслуг городского головы Жернакова в борьбе за прохождение Алтайки через Ново-Николаевск, нужно назвать ещё два имени: это присяжный поверенный, гласный Городской думы Григорий Иванович Жерновков (не путать с Жернаковым!) и инженер Сигизмунд Феликсович Дунин-Марцинкевич.
Это Жерновков, по словам Натальи Мининой, выполнил техническую и в какой-то мере политическую часть работы. Он составил технико-экономическую записку, в которой рассчитал, как будет развиваться торговля в регионе, и сколько потребуется вывозить грузов. Ещё в 1908 году в типографии Литвинова отпечатали работу Жерновкова — «Экономическую записку к проекту Алтайской железной дороги Барнаул — Обь по изысканиям 1907 года». Жернаков же стал городским головой в 1909 году.
А Дунин-Марцинкевич в 1909 году на специальном совещании в Томске говорил, что в Томск не нужно прокладывать железную дорогу, потому что оттуда нечего возить, кроме чиновников. Томск же упорно отказывался понимать, что занимает в этом вопросе не прогрессивную и даже антигосударственную позицию.
Окончательное решение было принято только в 1912 году. 10 марта Государственный совет выбирает вариант примыкания Алтайки к Транссибу, а 3 июня его высочайше утверждает император.
«Ново-Николаевск становится транспортным узлом. Пшеница Алтая, скот Казахстана в Россию идут именно через него. И вскоре заштатный городок было не узнать. Уже на следующий год в нём уже проживало более 86 000 человек, работало несколько банков, крупных предприятий. Промышленность Ново-Николаевска занимала 80% объёма мукомольного рынка всей Томской губернии», — говорит Константин Голодяев.
Алтайскую ветку протяжённостью более 650-ти километров строили на концессионных началах, на частные средства нескольких российских и французских банков. Руководить изысканиями и строительством поручили Григорию Будагову, — тому самому, что был доверенным начальника строительства первого железнодорожного моста через Обь и исполнял обязанности главного инженера. В 1895 году из-за конфликта с руководителем строительства Березиным Будагов был вынужден покинуть наш посёлок, и уехал в Томск, но после вернулся. Началось строительство 1 июля 1913 года в Семипалатинске.
Через год началась Первая мировая война, но она не остановила строительство. Через два с четвертью года, после приёмки железнодорожного моста через Обь в Барнауле, дорога была закончена. 8 октября 1915 года первый пассажирский поезд отправился из Ново-Николаевска в Барнаул. Станция «Алтайская» на нашем отрезке дороги, была заложена 30 июля 1913 года. Сейчас эта станция называется «Новосибирск-Южный».