С 1263 года в Московском княжестве (одном из уделов Владимирского) правил сын Александра Невского Даниил Александрович и его потомки. В 1328 году Москва одержала верх в борьбе с Тверью за великое княжение Владимирское. С 1363 года ярлык на великое княжение Владимирское принадлежал только московским князьям.
В середине XIII века Миндовг основал Великое княжество Литовское. К 1320-м годам Литва распространила свою власть на западнорусские земли. В 1362 году Литва разбила татар при Синих Водах и присоединила южную Русь.
В 1299 году после очередного разорения южной Руси ордынцами киевский митрополит переехал во Владимир (в 1354 году перенос кафедры был подтверждён Константинополем). Почти сразу после этого на юге возникла Галицкая митрополия, а затем Литовская, существовавшие впоследствии с перерывами. Киевский митрополит в 1325 году вторично поменял резиденцию, переехав в Москву. Впоследствии великие княжества Московское и Литовское стремились к тому, чтобы именно их претендент занимал общерусскую митрополию или как минимум был свой митрополит в те периоды, когда общерусская митрополия контролировалась «чужим» претендентом.
В период правления Дмитрия Донского (1359—1389 гг.) Московское княжество становится одним из главных центров объединения русских земель, а Владимирское великое княжество стало наследственной собственностью московских князей. Серия литовских походов против Московского княжества на рубеже 1360-х 1370-х оказалась безрезультатной, и Москва отстояла тем самым статус одного из центров объединения русских земель. В этот же период был построен белокаменный московский Кремль, раньше, чем в других княжествах начата чеканка серебряной монеты, впервые стало использоваться огнестрельное оружие.
Дмитрий Донской одержал важные победы над Золотой ордой: 11 августа 1378 года в битве на реке Воже русское войско одержало первую крупную победу над войсками Орды. 8 сентября 1380 года — основные силы Орды были разбиты русскими войсками в Куликовской битве. Победы войск Дмитрия Донского отражены в русских литературных памятниках: «Сказание о Мамаевом побоище» и «Задонщина». Однако уже через 2 года, объединивший Орду новый хан Тохтамыш, напал и сжёг Москву (1382). В результате нового разорения, Дмитрий был вынужден возобновить выплату дани Орде и признал независимость Тверского княжества, а Тохтамыш признал великое княжение Владимирское наследственным владением московских князей.
В 1384 был заключён договор между Дмитрием и Ягайло о женитьбе последнего на дочери Дмитрия и признании православия государственной религией Великого княжества Литовского. Однако уже в 1385 году Ягайло женился на польской принцессе и принял католицизм, заключив первую польско-литовскую унию. К рубежу XIV—XV веков все русские земли, за исключением отошедших к Польше, были разделены между Московским и Литовским великими княжествами, их граница прошла по реке Угре. Однако Литва под военно-политическим нажимом Орды, Ордена и Москвы всё чаще прибегала к польской помощи, и влияние Польши в юго-западной Руси неуклонно росло.
