Родился 28 марта 1965 года в селе Вязовый Гай Старокулаткинского района Ульяновской области в семье колхозников. Татарин.
Окончил среднюю школу, поступал в Качинское высшее военное авиационное училище лётчиков имени А. Ф. Мясникова и Рязанское высшее воздушно-десантное училище имени Ленинского комсомола, но ни в одно из них не поступил.
В 1983-1984 проходил срочную службу в разведроте 144-го зенитно-ракетного полка 30-й гвардейской мотострелковой дивизии Центральной группы войск (город Зволен, Чехословакия, ныне Словакия).
Из войск подал рапорт с просьбой о направлении в военное училище. В 1988 году окончил Сызранское высшее военное авиационное училище лётчиков (ныне Филиал Военного учебно-научного центра военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия имени профессора Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина» в городе Сызрань). В 2005 году окончил Военно-воздушную академию имени Ю. А. Гагарина (посёлок Монино городского округа Щёлково Московской области, ныне расформирована).
С 1988 года проходил службу в 55-м отдельном вертолётном полку армейской авиации Северо-Кавказского (затем Южного) военного округа (город Кореновск Краснодарского края).
Принимал участие в боевых действиях и миротворческих операциях в зоне осетино-ингушского конфликта в 1992 году, Абхазии в 1993-1994 годах и в конце 1990-х, в Чеченской Республике в 1994-1996 и в 1999-2008 (с перерывами), в Южной Осетии в августе 2008 года.
Был дважды ранен (один раз тяжело). В одном из боевых вылетов в период Первой чеченской войны, будучи тяжело ранен смог вывести из под огня и посадить повреждённый вертолёт. Восемь месяцев находился на лечении.
Некоторое время исполнял обязанности командира вертолётного полка (аэродром Ханкала, посёлок Чеченской Республики, в настоящее время в черте города Грозный).
С августа 2009 года - заместитель командира по лётной подготовке 6971-й авиационной базы (I разряда) (войсковая часть №12910; аэродром Будённовск, район города Будённовск Ставропольского края) 4-й армии ВВС и ПВО Южного военного округа, затем командира 393-й авиационной базы армейской авиации (II разряда) (войсковая часть №35666; Кореновск) - бывшего 55-го вертолётного полка (с 2015 года база вновь реорганизована в 55-й полк).
Участник военной операции в Сирийской Арабской Республике. Выполнял функции военного советника (лётчика-инструктора) вертолёта Ми-25*.
8 июля 2016 года террористы атаковали господствующие высоты восточнее города Тадмор (провинция Хомс), прорвав оборону сирийских правительственных войск. Экипаж получил запрос от сирийского командования группировки на огневое поражение наступающих боевиков, после чего командир принял решение атаковать бандформирования. Грамотными действиями российского экипажа наступление противника было сорвано. При развороте на обратный курс (после израсходования боекомплекта) вертолёт был сбит огнём с земли и упал в районе, который контролируется сирийской армией. Оба члена экипажа, включая полковника Р.М. Хабибуллина, погибли.
Имел налёт свыше 3300 часов, из них 2800 в ходе выполнения боевых задач. Выполнил более 2000 боевых вылетов. Овладел всеми типами и модификациями боевых вертолётов Ми-8, Ми-24 и Ми-28Н. Подготовил 28 лётчиков к ведению боевых действий в горной местности с посадками на высокогорные площадки до 3000 метров.
Указом Президента Российской Федерации от 28 июля 2016 года полковнику Хабибуллину Ряфагатю Махмутовичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно). Второй пилот лейтенант Е.В. Долгин был награждён орденом Мужества.