Слитый сюжет отменного в 2011 году продолжения серии S.T.A.L.K.E.R.
Каноничной концовкой Shadow of Chernobyl стал расстрел Стрелком группировки “О-Сознание”. Из-за этого Зона вышла из-под контроля и существенно расширилась. Главный герой, которым вновь является Стрелок, тяжело переживает случившееся и плохо спит по ночам.
Однако судьба дарит ему шанс все исправить. Некий Доктор пишет Стрелку и заверяет, что есть возможность навсегда избавиться от Зоны. Тогда герой собирает вещи и возвращается в Зону, где встречает того самого Доктора и выясняет, что существует проект в НИИЧАЗ, исследователи которого занимаются поиском ответа на вопрос, как исправить то, что натворил Стрелок.
Примечательно, что Зона сильно изменилась после действий главного героя. Он больше не знает, где его подстерегают аномалии, поэтому помогает новичкам и вместе с ними заново учится выживать в этой неблагоприятной среде.
В итоге Доктор и Стрелок встречаются и вместе начинают сотрудничать с НИИЧАЗ. Подозревая, что происходит что-то неладное, они проникают в секретный комплекс, где узнают ужасную правду.
Оказалось, что НИИЧАЗ разрабатывает проект не по уничтожению Зоны, а по ее контролю, чтобы затем превратить в оружие и передать в руки злодеев. Доктор и Стрелок решают их остановить и уничтожают установку, которую удалось построить исследователям.
В финале игры Стрелок куда-то улетает на вертолете.
На данный момент неизвестно, будет ли опираться разрабатываемый S.T.A.L.K.E.R. 2 на сюжет отмененного проекта, однако, судя по показанному в трейлере, история игры будет как минимум отличаться от рассказанного выше, и разработчики представят пользователям новую главу о Зоне.
