Для этого нам понадобится сайт Нексус мод (https://www.nexusmods.com) После регистрации на сайте я вам рекомендую скачать NMM (Nexus mod manager). С его помощью будет очень легко устанавливать моды, не нужно будет копировать их в корневую папку и т.д., т. е. установка будет автоматическия. Объясню на примере мода "Realistic Water Two"
После открываем сам менеджер (учтите, что перед использованием следует нужно его открыть и выбрать игру для которой вы собираетесь использовать менеджер, т.е. скайрим)
https://gyazo.com/8fd728e71235e498c3c4ca16b20b1a48 (менеджер будет выглядеть как на этом скрине по ссылке)
Рядом с одной из папок будет написано "+1". Кликаем два раза, после чего чуть ниже появится название мода, опять кликаем два раза и открываем меню установки. В меню установки вы должны выбрать конкретно то, что вам нужно. После этого нажмите "Install". Вуаля, мод установлен!