Кофе – оно.
Использовать местоимение "оно" нас заставляет правило русского языка, но все используют "он", ведь так принуждает традиция.
В Российской Империи "кофе" называлось "кофий" и "кофей", что по правилам языка вынуждает использовать местоимение "он", русский язык подвергся огромному числу реформ и это слово они тоже задели.
Местоимение старое оставили, а слово заменили на новое, в результате чего образовался такой конфуз, который любят использовать различные необразованные и быдловатые прескриптивисты.