Сюжет второй части разворачивается спустя пятнадцать лет, и игроку нужно будет отправиться в город под названием Карнака что бы раскрыть новый заговор против подросшей императрицы Эмили. Основная цель игры остановить самозванку Далилу и вернуть трон законной наследнице, но Далила не так проста как могло бы показаться, она ведьма и причем довольно сильная, в самом начале игры после захвата трона самозванкой игроку дается выбор за кого из возможных персонажей играть. Это может быть как уже известный нам по прошлой части игры Корво, так и сама Эмили Колдуин которую её отец Корво, с детства тренировал и обучал. Так же при выборе Эмили у игрока есть возможность отказаться от метки Чужого и не использовать его силу, это в очередной раз даст нам выбор того как мы пройдем игру, с помощью мистических сил или же без них, к слову о силах если все же принять их то способности новой героини будут отличаться от возможностей Корво. Одна из интересных способностей Эмили называется "Домино" отмечаете