Главным героем фильма является молодой человек Томас Андерсон, который днём работает программистом в крупной компании, а ночью он превращается в хакера Нео. Его монотонная жизнь прерывается, когда на его персональный компьютер приходит сообщение: «Проснись Нео! Матрица использует тебя. Следуй за белым кроликом». Затем, следуя полученным инструкциям, Томас встречается с девушкой хакером Тринити, которая обещает раскрыть ему тайну матрицы. Для этого она знакомит Томаса с Морфеусом. Нео - это Утешитель, второе пришествие Иисуса Христа. Это обычный человек, живущий и работающий, как и другие в Материальном Мире, на планете Земля. До определённого времени, он - спящий Мессия, не осознающий своей особой миссии. Он работает программистом, в сфере, близкой к Матрице. Свою жизнь до пробуждения, сам того не ведая, он посвящает подготовке к исполнению своей миссии, приобретая умения и навыки, которые в последствии ему пригодятся. И вот Нео приходит сигнал - он должен проснуться, пробудиться