Маргарет решает довести дело до конца, раз отец Алекса не смог. Для этого нужно расправиться с главным героем, а в другом помещении Кертис должен будет сделать тоже самое, но с Элли, ведь она также должна умереть, чтобы ритуал завершился.
Однако герой отказывается добровольно умирать - ему удается перехватить дрель, после чего Алекс направляет ее в голову Маргарет. Дальше мужчина спешит к Кертису, разделывается с ним и спасает Элли. По пути парочка встречает Уиллера, на котором из-за ножей и игл места живого не осталось. Несмотря на это, коп все еще жив, а потому Алекс решает помочь ему и уже потом вместе выбираться из этого адского местечка.
Через некоторое время герои обнаруживают склеп, в котором в братской могиле похоронены все жертвы кровавых ритуалов, проводимых в течение 150 лет. На одном из саркофагов Алекс обнаруживает собственное имя...
С тех пор, как в семье Шепард появился младший ребенок, отец решил, что Джош выживет, а Алексу будет суждено стать жертвой ритуала. По этой причине мужчина пытался сделать так, чтобы братья не особо друг к другу привыкали.
Однако, как мы знаем, мужчина так и не смог убить своего ребенка. Незадолго до проведения церемонии он позвал Джоша и передал ему кольцо на цепочке - семейную реликвию, о которой мальчик не должен рассказывать брату.
Но в одну ночь, когда Алекс и Джош отправились кататься по озеру на лодке, младший обмолвился старшему о перстне. На основе семейных разногласий между родственниками случился конфликт, в результате которого младший вывалился из лодки и стал стремительно погружаться под воду.
На фоне пережитого Алекс получил нервный срыв, из-за чего родители решили отправить его в психиатрическую лечебницу. Да-да, все это время он находился в больнице, а не на войне, и никакого ранения, из-за которого Шепард решил вернуться домой, он не получал. Форма, в которой он приехал в Шепардс-Глен, досталась ему от отца - именно в ней Алекс выписался из больницы, забыв обо всем, что с ним произошло в прошлом.
От автора: после битвы с финальным боссом сюжет Homecoming заканчивается. В игре возможна одна из пяти концовок, зависящих от наших действий.
1.Прощение отца в исповедальне перед его гибелью и убийство матери - Алекс в конце выбирается из склепа, встречает Элли и покидает Сайлент Хилл.
2.Прощение отца и прощение матери - Алекс просыпается в психушке, а над ним нависают врачи. Все произошедшее оказывалось лишь его фантазией, а дальше...Дальше следовала шоковая терапия.
3.Непрощение отца и убийство матери - Алекс просыпается в своем доме в ванной. Над ним склоняется папа и начинает топить сына, пока тот не погибает.
4.Непрощение отца, прощение матери и не спасение Уиллера - в конце Алекс превращается в одного из Пирамидоголовых.
5.Непрощение отца, прощение матери и спасение Уиллера - Алекс и Элли в конце встречаются, но неожиданно на них с неба нападает...летающая тарелка. Вышедший из здания Уиллер проговаривает, что всегда знал, что за происходящим стоят пришельцы.