Действие игры разворачивается в 2183 году. Капитан Шепард несёт службу в Альянсе в качестве старшего помощника капитана Андерсона на кораблe «Нормандия» и становится кандидатом в члены Спецкорпуса тактической разведки, однако для этого должен выполнить тестовый полёт «Нормандии» под командованием турианца Найлуса Крайка и доставить артефакт древней цивилизации протеан, найденный археологами на одной из человеческих колоний на планете Иден Прайм.