Научная библиотека (Отдел книжного фонда) была основана одновременно с музеем в 1902 г. В её организации принимали участие видные учёные-этнографы: Д.А. Клеменц, Н.М. Могилянский, Е.А. Ляцкий и др.
Отдел книжного фонда РЭМ является крупнейшим музейным книжным собранием по этнографии народов России и стран, ранее входивших в состав Российской империи и Советского Союза. Его дополняют издания по смежным с этнографией дисциплинам: истории, археологии, антропологии, географии, фольклористике, искусствознанию, религиоведению, музееведению, языкознанию. Фонд составляют более 130 000 печатных изданий на русском и иностранных языках. Кроме того, библиотека имеет коллекцию лубочных картинок, открыток по этнографической тематике, собрание географических карт.
Основу книжного собрания составили многочисленные пожертвования отечественных и зарубежных научных обществ, организаций, статистических комитетов губернских земств, губернских архивных комиссий, музеев и библиотек. Большое количество книг поступило в дар от сотрудников музея. Книги приобретались также в книжных лавках и у частных лиц.
В первой половине 1920-х годов фонд значительно вырос за счёт поступлений книг из частных собраний, национализированных государством. Среди них особенно интересна библиотека из 2000 книг и карт великого князя Георгия Михайловича и библиотека из 400-х изданий великого князя Александра Михайловича. В эти же годы в музей была передана часть книжного собрания лейб-гвардии Финляндского и Измайловского полков. Среди более поздних даров наиболее значительны переданные в 1980-е годы книги из личных библиотек сотрудников музея Е.Н. Студенецкой, Б.З.Гамбурга, Д.А. Сергеева, И.В. Дубова.
Большую часть фонда составляют книги на русском языке, изданные в XVIII-XX веках - сочинения этнографов, историков, антропологов, географов, описания путешествий, научных экспедиций. Эти издания являются прекрасным источником для этнографических исследований.
Книжный фонд содержит немало изданий произведений устного поэтического творчества и исследований в области фольклористики, выходивших в свет с конца XVIII в. Сказки, песни, легенды, предания представлены в публикациях известных собирателей и исследователей фольклора П.В. Киреевского, А.Н. Афанасьева, И.П. Сахарова, П.Н. Рыбникова.
В библиотеке хранятся книги по народному декоративно-прикладному искусству и художественным промыслам, выходившие в свет в XIX - XX в.
Важную часть библиотечного фонда составляют книги на иностранных языках (свыше 13 000 единиц хранения), изданные в XVII-XX веках. Среди них особенно ценными являются произведения книжного искусства старинных издательских домов - голландской фирмы семьи Эльзевиров и венецианской -Альдов, работавших в XVI - начале XVIII в.
Библиотека располагает большим и ценным собранием отечественных и зарубежных периодических изданий (около 30 000 единиц хранения). В нём содержатся издания различных научных обществ, учебных заведений, комитетов, организаций. Из них следует назвать такие важные для этнографической науки издания, как издания Русского географического общества: «Записки», «Известия», «Вестник», «Труды Императорского Общества любителей естествознания, антропологии, этнографии», « Записки Отделения русского языка и словесности» РАН и др. Представлены специальные этнографические журналы, издававшиеся в XIX-XX веках – «Этнографическое обозрение» (1889-1916), «Живая старина»(1890-1916), «Этнография» (1926-1930) и современные.
Важное место в фонде библиотеки занимает собрание справочно-библиографической литературы, которое насчитывает свыше 1300 единиц хранения. Это библиографические пособия, словари, справочники, энциклопедии. Имеются почти все библиографические указатели, выходившие в свет в XIX-XX веках.
Собрание книг и периодических изданий дополняется коллекцией лубочных картинок, насчитывающей свыше 1000 листов на самые разные темы. В неё входят картинки религиозного содержания и нравоучительного характера, на исторические и бытовые темы, иллюстрации к сказкам, песням, былинам.
В библиотеке хранятся также открытки по этнографической и исторической тематике, издававшиеся с первых десятилетий XXвека по настоящее время (более 12 000 единиц хранения). Они дают наглядное представление о жилище, хозяйственных постройках, орудиях труда, предметах быта, праздниках, обрядах и обычаях народов Евразии. Интересны открытки, на которых изображены различные народы бывшей российской империи в национальных костюмах. Кроме того, имеются почтовые открытки с видами городов, сел, монастырей, церквей, представляющие большую ценность для историков и этнографов.
Картографическое собрание библиотеки насчитывает свыше 1000 карт, изданных в XVII-XX в. Оно включает в себя карты географические, этнографические, социально-экономические, политические, атласы Российской империи, губерний, уездов, округов, а также планы городов.
Являясь уникальным специализированным книжным собранием, библиотека музея обслуживает специалистов (научных и музейных сотрудников, преподавателей и др.), студентов и аспирантов профильных ВУЗов.
Систематический каталог ведется с 1902 года и развивается вместе с библиотекой. Составленный на высоком профессиональном уровне, он дает возможность быстрого составления библиографии по любой профильной теме.
Запись производится на основании письма-заявки, которое должно быть завизировано руководством организации, где работает/учится потенциальный читатель.