Когда Алекс проснулся, он первым делом проверил свою рацию. Оказалось, что Уиллер также в порядке - культисты даже не проверили у него наличие средства связи, а лишь заперли в камере.
Желая спасти своего товарища, Алекс отправляется к месту его заключения. Справившись с несколькими врагами в костюмах химзащиты, герой освобождает полицейского и они вместе отправляются на поиски Элли.
Однако в процессе Алекс обнаруживает не свою знакомую, а мать, которую культисты решили замучить до смерти. Женщина просит сына сжалиться над ней и добить, но, как герой может так просто оборвать жизнь родного человека?
Вне зависимости от выбора мать Алекса погибает, а ему только и приходится, что беспомощно за этим наблюдать. После этого, пытаясь смириться с пережитым ужасом, Алекс с Уиллером продолжают путь и находят Маргарет Холлуэй, привязанную к ржавому стулу. Освободив женщину, спаситель сообщает, что обязательно найдет и спасет Элли, но в этот момент монстр, вырвавшийся из стены, утаскивает Уиллера за собой.
Следом за ним из дыры показалось другое кошмарное чудовище, с которому Алексу приходится сражаться в одиночку. После схватки он вспоминает о том, что, вообще-то, он брата своего разыскивает, и тот, как специально, оказывается на грани восприятия брата.
Следуя за Джошем, Алекс оказывается в церкви Сайлент Хилла. Внутри герой встречает отца, подвешенного за руки к деревянным балкам. После непродолжительной беседы Алексу приходится пережить очередной ужас - за спиной отца появляется монстр с пирамидальной фигурой на голове и своим огромным тесаком разрубает мужчину на две части.
***
Некоторое время спустя, пережив гибель обоих родителей, Алекс надевает костюм культиста и отправляется в логово врага. Однако, встретив по пути смотрителя свалки Кертиса, Алекс теряет сознание от внезапного удара - каким-то образом мусорщик его опознал под глухим противогазом. Придя в себя, герой осознает, что привязан к стулу, а перед ним возвышается та самая Маргарет Холлуэй, которая поведает пленнику истинный смысл происходящего.
***
В 1953 году четыре семьи покинули Сайлент Хилл и основали соседний город Шепардс-Гленн. Это были Шепарды, Холлоуэи, Фитчи и Бартлеты. Все они были тесно связаны с культом Сайлент-Хилла и, чтобы избежать наказания со стороны бывших соратников, беглецы заключили этакий пакт с местными божествами.
Согласно договору основатели будут в безопасности, а за это раз в 50 лет они будут приносить человеческую жертву. Каждая семья должна была убить по ребенку, и в течение 150 лет все шло своим чередом, ровно до 2003 года. В тот период было принесено лишь три жертвы, но отец Алекса так и не смог убить одного из своих сыновей...