Около 94% населения Узбекистана составляют мусульмане (сунниты). 1% населения составляют мусульмане-шииты. Ислам в Узбекистане - это смесь зороастрийских, манихейских, буддийских, анимистских верований и влияния суфийских братств. Духовный отец Амира Тимура, суфий Ахмад Ясави (XII век), является автором мистической поэзии «Хикмет». Этот ислам включал в себя шаманские традиции и был широко распространен среди кочевых племен. Ислам перенес репрессии 1932 года до Второй мировой войны. Многие мусульмане были отправлены в Сибирь, мечети и медресе были превращены в склады и фабрики или разрушены. После обретения независимости все изменилось. В сентябре 1999 года в Ташкенте по инициативе Первого Президента Узбекистана Ислама Каримова был создан Исламский университет в Ташкенте. В 2003 году появились первые выпускники, а в 2005 году аспиранты завершили обучение. В университете действует академическая гимназия. Каждый год, верующие совершают паломничество в священные мусульманские места в Саудовской Аравии для совершения обрядов "хадж" и "умра". После обретения независимости более 65 000 граждан Республики имели возможность совершить хадж в Саудовскую Аравию. Указом Первого Президента Узбекистана от 28 августа 2006 года был создан Общественный совет по вопросам организации и проведения ежегодных мероприятий, таких как «хадж» и «умра». Основными задачами Совета являются обеспечение эффективной координации и сотрудничества министерств и ведомств, местных органов власти и государственных органов в подготовке и проведении паломничества граждан, участвующих в обрядах хаджа и умры, контроль за соблюдением требований безопасности и положений законодательства в этой сфере. Организует паломников со специальными рейсами, медицинскими услугами, сниженными ценами на авиабилеты, быстрой и беспрепятственной регистрацией при запросах визы. В 2017 году по распоряжению президента более 1300 ветеранов Второй мировой войны совершил паломничество бесплатно. В конце 2004 года в Мусульманском совете Узбекистана совместно с Национальным обществом слепых состоялась презентация Священного Корана, напечатанного шрифтом Брайля.
С момента обретения независимости многие медресе были реабилитированы, мечети возвращены для богослужения по всей стране. 16 конфессий, 2222 религиозные организации официально зарегистрированы.