Первые дворцы начали перестраиваться после катастрофы в 1700 году до н.э. Два последующих столетия являлись периодом величайшей эволюцией минойской цивилизации, в течение которой было построено множество небольших дворцов, часто называемых «виллами». Строительство такого большого количества этих дворцов говорит об ослаблении центральной власти.
Неодворцовый период был неоднородным: новые дворцы были разрушены в 1630-1620 годах до н.э., предположительно, из-за взрыва на Санторини.
Основные черты новых дворцов: пропилеи, колоннады, лестницы, световые люки, комнаты со множеством дверей. Гипс, добываемый в Кноссе и Фесте, использовался для покрытия стен.
Катастрофа, произошедшая в 1450 году до н.э.
В 1450 году до н.э. дворцы вновь были разрушены. Это положило начало упадка минойской цивилизации. Упадок этой цивилизации связывают со взрывом вулкана Санторини и последующими землетрясениями, которое спровоцировало мощные приливные волны. Волны в свою очередь захлестнули северное побережье острова и уничтожили минойский флот. Данную теорию выдвинул в 1930-ом году Спиридон Маринатос, который предположил уничтожение виллы лилий, Амнисосу, взрывом вулкана. От этой теории практически отказались в 1980 году. Археологи уверены, что взрыв вулкана произошел ближе к концу 17 века до н.э. Тем не менее, они согласны с тем, что дворцы были разрушены по вине различных природных явлений, произошедших в интервале от 70 до 100 лет. Первый период, то есть взрыв Санторини в 1620-1600 годах, был незначительным, так как дворцы были сразу отремонтированы. Второй период (1520-1500 года до н.э.) привел к полному разрушению некоторых дворцов и резиденций (Галатас, Ватипетрос, Сития и Амнисос). Третий период имел более серьезные последствия, так как после него большинство объектов не были восстановлены и оказались заброшенными. Все дворцовые центры, кроме Кносского, были разрушены. А в некоторых деревнях были разрушены самые важные резиденции местных губернаторов.
В попытке объяснить упадок минойской цивилизации, отвергаются идеи о извержении вулкана и выдвигаются новые теории. Например, землетрясения, пожары, микенские завоевания, а также военные действия внутри острова. Причины разрушения Детораксиса можно выявить в критской экономике. То есть, производство сельскохозяйственных продуктов достигло своего предела и больше не имело спрос. Торговые отношения обострились c появлением таких новых факторов, как борьба за территорию с Грецией. Также нельзя исключать уменьшение запасов сырья. Было много беспорядков, что несомненно сыграло роль в разрушении большинства объектов. Для Туларда разрушение таких дворцов, как Феста, Агиа Триада и Тилиссоса могло стать последним эпизодом борьбы с Кноссом. Позже, около 1400 года до н.э. столица разрушается. Дворец был подожжен и разграблен. Теория с землетрясением вновь приобретает смысл. Эванс считал, что причиной разрушения является восстание минойских плебеев против монархии. А Уэйнс предположил, что виной всему восстание критян против ахейской династии. Легенда о Тесее является неким подтверждением ахейского вторжения, а смерть Минотавра символизирует падение минойской власти. Расшифровка глиняных табличек Кносса показал, что греческий язык был официальным языком Кносса, а это значит, что династия во время разрушения дворца была ахейской.
Имеет место мнение, что в 14 веке до н.э. в Кноссе больше не строили дворцы. Но такие исследователи, как Блеген и Палмер считают, что Кносс занимали ахейские цари и это место не было разрушено даже после 200 лет.