С изменением политической системы государства и социально-экономических условий менялось место и внутренних войск в системе обеспечения внутренней безопасности страны.
Правовой основой функционирования внутренних войск МВД России после 1991 года стал Закон Российской Федерации от 24 сентября 1992 г. «О внутренних войсках Министерства внутренних дел Российской Федерации», в котором были определены задачи и состав внутренних войск МВД России.
В связи со сложной криминогенной обстановкой на территории страны и необходимостью повышения статуса внутренних войск распоряжением Президента Российской Федерации Б.Н. Ельцина от 23 декабря 1992 г. должность командующего внутренними войсками была переименована в должность заместителя министра внутренних дел – командующего внутренними войсками МВД России, что позволяло более оперативно принимать решения на уровне министерства.
На эту должность в декабре 1992 г. был назначен генерал-майор (в последующем генерал армии) Анатолий Сергеевич Куликов.
В целях совершенствования организационной структуры внутренних войск были созданы округа внутренних войск: Московский, Северо-Кавказский, Северо-Западный, Приволжский, Уральский, Сибирский, Восточный.
В Главном управлении командующего внутренними войсками МВД России и в округах внутренних войск работали военные советы, которые являлись постоянно действующими оперативными органами управления, решавшими весь спектр задач по управлению войсками на своем уровне.
В марте 1993 г. было создано Управление внутренних войск МВД России по охране важных государственных объектов и специальных грузов, которое в январе 1995 г. было упразднено, а на его базе сформировано Управление по охране важных государственных объектов и специальных грузов в составе Главного управления командующего внутренними войсками МВД России.
В войсках шел процесс создания высокомобильных формирований оперативного назначения и пересматривался перечень объектов с целью сокращения потребности в их войсковой охране.
Было определено приоритетное развитие соединений и воинских частей оперативного назначения и специальных моторизованных воинских частей, способных к переброске в короткие сроки, развертыванию и ведению маневренных действий в любом регионе страны, где возникнет угроза внутренней безопасности Российской Федерации.