Возбудителем серой шейковой гнили лука является гриб Botrytis allii.
Как правило, заболевание дает о себе знать в период зимнего хранения.
На луковицах можно обнаружить, что ткань размягчается, а в области шейки луковицы образуется вдавленность. Под чешуйками, а иногда и на самой поверхности образуется серый плесневидный налет. На более поздних стадиях среди налета образуются мелкие склероции