Простой казалось бы вопрос, но меню 1С БП3 претерпевает изменения, поэтому если хотите отключить контроль остатков зайдите в "Администрирование" - "Проведение документов" и выберите пункт
"Разрешить списание запасов при отсутствии остатков по данным учета"
