«Грех» и «Тёмное братство»
Члены группировки Грех живут на территории дольше остальных сталкеров, они пережили второй взрыв, случившийся в 2006 году, и образовавший Зону. Многие из них умерли от болезней, которые возникли из-за непрерывного избыточного облучения, а выжившие имели уродливую внешность и старались скрывать её от окружающих.
Имеют схожесть с Монолитом: такие же фанатики, верующие в божественность Зоны. По этой причине не любят тех, кто вмешивается в её жизнь: сталкеров и военных. Но несмотря на сходство с Монолитом, являются их ярыми противниками, так как именно они захватили и контролировали её сердце — ЧАЭС.
Уникальность Греха не только в их уродливости и фанатичности, также они обладают ценными знаниями, которые не доступны ни обычным сталкерам ни даже учёным. Из-за этого группировки враждуют друг с другом. Для учёных — они ценный материал, а для греха яйцеголовые — угроза для них.
Внешне похожи на бандитов, одеваются в плащи, носят маски, есть собственное оружие. Встречаются в модификациях: Lost Alpha, Oblivion Lost Remake, Legend Returns.
Тёмное братство — загадочное объединение, ведущее отшельничий образ жизни. Когда-то над его членами ставили эксперименты, что привело к их внутренним изменениям, но в отличие от Греха, не поменялась внешность, а психика осталась целой.
Представлены в моде: Тёмное Братство – Проклятые Зоной
«Ведьмы»
Самая странная аномалия в сталкере — это отсутствие в нём женских персонажей. Модификация Возвращение Шрама меняет эту ситуацию, добавляя в историю целую женскую группировку — Ведьмы.
На первый взгляд может показаться, что они являются самой «мягкой силой» в Зоне, но это не так. Ведьмы ведут агрессивную политику по отношению к большинству фракций и выполняют роль наёмных убийц, очень хорошо вооружены и экипированы. Находятся в союзе с наёмниками, а их база расположена в Мёртвом городе, что говорит об их тесном сотрудничестве. К тому же враждебно относятся к главному герою.
«Вермахт» и «Новый союз»
Из названий видно, что это отсылка к противостоянию фашистов и коммунистов, наподобие их же противоборства в постапокалиптической игре Метро 2033 и Last Light. Даже несмотря на то, что данные фракции взяты из разных сталкерских модификаций.
Вермахт — группировка, появившаяся в ЧЗО по странным обстоятельствам. Бойцы армии Германии попали из прошлого(времён Отечественной войны 1941-1945 гг.) в наше время, возможно из-за неизученных временных аномалий. Временной промежуток, который они перепрыгнули, заметен по их экипировке и вооружению очень старого образца: MP-40 и STG-44.
Присутствуют: Возвращение Шрама, Путь Человека: Возвращение, Объединенный Пак - 2.
Новый союз представлена в модификации Road To The North как таинственная и никому не известная сила. В её ряды можно попасть только доказав свою преданность общему делу. Наниматели, как правило, не выдают себя пока не увидят в новобранце того, кто действительно подходит им. Новый союз — дружелюбная политическая сила, а их цель —создание коммунистического общества на территории Зоны. Вся экипировка выполнена в красноармейском стиле и при снятии брони с члена другой группировки она перекрашивается в их стиль.
«Фантомы»
Специальные отряды монолита для непосредственной защиты членов О-сознания. Фантомы имеют наивысшие ранги, лучшую экипировку(окрашенную в зеленый цвет) и вооружение.
Обладают навыками военного искусства и обучают рядовых бойцов группировки. Возможно это выходцы из наёмников, т.к. имеют с ними союзные отношение, и в отличие от обычных монолитовцев работают на О-сознание, не будучи сошедшими с ума, а за вознаграждение(деньги, артефакты).
Представлены в модификации Тайные Тропы 2.
«Последний день»
Последний день — дезертировавший осколок «Чистого Неба» после выброса, уничтожившего большую часть отряда. После отделения основной группы они переселились в Мертвый город и основали там базу.
Задачами могут быть: изучение зомбированных и влияния психотропного оружия. Считают, что Зона может увеличится во много раз и захватить другие города и страны, не оставив шанса на выживание мирным жителям. В союзе со многими фракциями, в том числе с О-сознанием. Враждуют с другой частью распавшегося «Чистого неба» — группировкой Рассвет.
Экипировка и вооружение как у бойцов ЧН.
Встречаются: Мёртвый город, Oblivion Lost Remake, Народная Солянка.