В 1559 году династия Астраханидов, Джаниды, потомки Джожи, управляли Средней Азией. Под их властью произошел переход от централизованного государства к независимым ханствам.
Три ханства существовали на территории современного Узбекистана с 1512 по 1920 годы.
Кокандское ханство
История Кокандского ханства начинается в 1732 году. Согласно легенде Шахрухбий, один из вождей племени минг был основателем Кокандского ханства. Он сделал крепость Эски Курган. Он был десятым потомком новорожденного принца. Этот ребенок был оставлен Бабуром в золотой колыбели в Ферганской долине. В конце 18 века Кокандское ханство включало земли Ферганы, Намангана, Андижана, Ташкента, Ходжента, Киргизстана и Южного Казахстана. Кокандское ханство было расположено в самом сердце Ферганской долины на востоке Узбекистана. Он существовал между 1709 и 1876 годами.
Венгерский путешественник Вамбери упоминает, что площадь Коканда была в 6 раз больше, чем Хива, в 4 раза больше, чем Тегеран, в два раза больше, чем Бухара. При правлении Эмира Омархана культура и искусство процветали в ханстве и его столице. Его жена Надирабегим была известным восточным поэтом. В начале 19 века Ташкент находился под властью Кокандского ханства. В 1876 году Коканд был захвачен русской армией.
За историю своего существования Кокандским ханством управляли 29 ханов
Хивинское ханство также называют "Хорезмское государство". Он был самым старым из трех узбекских ханств. В 1598 году Амударья изменила свой курс, и столица Гургандж (Ургенч) потерял свое место. Город Хива стал его столицей. В 1873 году Хивинское ханство стало протекторатом Российской империи.
Бухарское ханство и Бухарский эмират.
Бухарское ханство также существовало на территории Узбекистана в 1599-1920 гг. Это было персидское среднеазиатское государство. Столицей была Бухара. Самарканд был его составной частью. Династия Джанидов царствовала над Бухарским ханством с 1599 по 1785 год. Во времена династии Джанидов два медресе, Шердор и Тиллакори, были построены на площади Регистан в Самарканде между 1646 и 1660 годами.
Шах Персидский, Надир-шах, вторгся в Бухарское ханство в 1785 году. И ханство стало "эмиратом". В 1868 году Бухарский эмират стал протекторатом России.
В шестнадцатом и семнадцатом веках развивалась литература, архитектура, живопись.