Шайбаниды – потомки монгольской мусульманской династии Шаййбан, сына Джожи. Они состояли из 15000 семей. В современной Золотой Орде было небольшое ханство (улус), известное как Серая Орда. Лидер узбекского племени хан Узбек (1282-1342) принял ислам. Хан Абул-Хайр объединяет кочевые племена Шейбанидов, жившие между Тоболом, Уралом и Сырдарьей в 1429 году под именем Улус Узбек. После смерти Абул-Хайра в 1468 году его племянники Мухаммед Шайбани и его брат Махмуд основали Узбекское ханство. Мухаммад Шайбани завоевал в 1500 году города Бухару и Самарканд. Он сверг Тимуридов в 1507. Он был убит в 1510 году персами.
Бабур дважды захватывал Самарканд. В 1513 году после своего поражения он вернулся в Индию и основал династию Моголов. Его династия просуществовала до 1858 года. По приказу Абдуллы Хана в 1540-х годах в Бухаре были построены прекрасные мечети и медресе. Во второй половине XVI века были установлены дипломатические и торговые отношения между Бухарским ханством и Ираном, Индией, Москвой и Китаем. В конце 16-го века Бухара стала политическим и культурным центром Ма-вара-ан-Нахр. Династия Чайбанидов царствовала почти сто лет, и вся династия погибло во время братоубийственных войн.