Сериал имел целых три рабочих названия — «Москва бандитская», «Сага о криминале», «Во имя отца и сына».
В сценарий сериала «Крот» вошёл ряд сюжетных линий, которые были подготовлены для продолжения 5-серийного фильма «Рэкет», съёмки продолжения которого не удалось осуществить из-за скоропостижной кончины актёра Сергея Шкаликова, игравшего в одну из главных ролей.
Некоторые прослеживают связь между этими двумя сериалами. Они считают, что адвокат Сабур из «Рэкета» и наркобарон Сабур из «Крота» — один и тот же персонаж. На самом деле в фильме «Рэкет» Сабур — это фамилия адвоката, а Сабур в «Кроте» — прозвище, производное от фамилии Сабурцев.
«Крот» стал второй совместной работой для актёров Павла Новикова и Алексея Осьминина. До этого они оба дебютировали в фильме «Многая лета» из сериала «Улицы разбитых фонарей» (1 сезон).
На роль Сергея Кузьмичёва также рассматривался актёр Андрей Чернышов. Но ему досталась эпизодическая роль охранника Виктора Сергеевича.
Во время подготовительного процесса режиссёр хотел без проб привлечь к съёмкам «Крота» известного тележурналиста и ведущего Андрея Норкина (тогда — ведущего информационной программы «Сегодня» на телеканале НТВ). По его задумке, он должен был играть там роль одного из высокопоставленных функционеров. Норкина не отпустил сниматься гендиректор канала Евгений Киселёв, посчитавший, что тем самым он размоет свой экранный образ.
Прототипом Вахтанга Маргеладзе стал криминальный авторитет и спортсмен Отари Квантришвили (брат Отари — Амиран Квантришвили действительно был убит раньше чем Отари, примерно на год, а его ближайшим другом и партнёром был Анзор Кикалишвили). Прообразами бандитов из группировки Кузьмичёва стали представители Курганской ОПГ, прототипом Кости и Санька стал известный в Москве киллер Александр Солоник. В сериале также встречается множество аллюзий на бандитские разборки в Москве начала 90-х годов: Ресторан «Мандарин» — явный намёк на ночной клуб «Арлекин», вокруг которого завязалась криминальная война в 93-94 гг. Хозяева «Мандарина» — Арсен и Бесик явные намёки на лидеров Бауманской (Чеченской) ОПГ. Сам образ Кузьмичёва также близок к образу самого известного в Москве криминального авторитета 90-х «Сильвестра», Сергея Тимофеева.
Роль Анзора Маргеладзе, родного брата Вахтанга, сыграл родной брат Дмитрия Нагиева Евгений.
Несмотря на то, что действие сериала происходит в Москве, большинство сцен были сняты в Санкт-Петербурге. Это заметно по некоторым городским локациям и кодам «78» и «98» на автомобильных номерах, случайно попавших в кадр. В Москве лишь снимались эпизоды, в которых необходимо было подчеркнуть столичный антураж: Кремль, здание МГУ, Комсомольская площадь, Ваганьковское кладбище, гостиница «Украина» и прочее.
Роль Владимира Старкова стала последней работой в жизни актёра Алексея Осьминина. 6 июля 2002 года он трагически погиб — выпал из окна номера гостиницы. Это случилось в Омске, где Алексей был со своим театром на гастролях. Озвучивание роли в «Кроте-2» Алексей закончил буквально за несколько дней до трагедии.
Консультантом сериала выступил подполковник милиции Александр Бобров. Также он оказывал консультационные услуги при производстве сериалов «Бандитский Петербург» (3-6 части) и «Агентство „Золотая пуля“».
Именно в сериале «Крот» (2 сезон, 1 серия) впервые прозвучала фраза «Не мы такие, жизнь такая», ставшая крылатой после выхода фильма «Бумер».
Некоторые сюжетные линии 2-го сезона были посвящены проблемам наркомании в молодёжной среде. Для режиссёра Эрнеста Ясана эта тема была сугубо личной: незадолго до съёмок сериала от передозировки наркотиков скончался его сын Максим.