Божества, которым поклонялось население Эблы, известны благодаря спискам подношений. Эти подношения преподносили дворцы храмам. Была обнаружена самая старая религия Сирии. Культурный фон семитский, но также присутствуют элементы шумерской и хирруитской культур. Главный бог Эблы – Кура. Также были и другие божества: Даган (бог плодородия), Адда или Адду Хадад (бог бурь), Уту (бог солнца), Рашап или Решеп (бог подземного царства), Ишахара (богиня плодородия, а также хтоническое божество), Аштар или Иштар (небесная богиня, сопоставляемая с Венерой), Каккаб (бог звезд), Камиш (будущий моавитский бог Камош, возможно еще одно хтоническое божество). В текстах имеются сведения и о других богах, помимо Куры. Например, его супруга Барана или Ни-Да-Кул. К сожалению, их невозможно было идентифицировать. Среди несимитских божеств есть бог Энки, богиня Нинки и хуррианская богиня Хебат.
Были обнаружены религиозные тексты, написанные на шумерском или эблайтском языках. Гимны были посвящены главным богам. Гимн богу солнца, Шамашу – самый длинный литературный текст, написанный в Эбле. Учеными был найден фрагмент мифа о шумерских богах (Энки, Энли, Уту). Последние известные религиозные сборники – это сборники экзорцизмов. Они использовались для предотвращения недугов: укусов змей и насекомых и болезней. Было засвидетельствовано несколько ритуалов, которые проводились в храмах были посвящены главным божествам. Существовало религиозные календари, параллельные общим. Также имеется информация о царских ритуалах. Они были религиозными, а также в них проглядывалась политика.
Самым известным строением протосирийского периода является храм в юго-восточной части нижнего города, «Храм скалы». Он так назван, потому что его основание находится на скале. Площадь этого храма составляет 29х22 метра, а ориентация направлена на запад и восток. То есть одна комната была вестибюлем, который открывался дверью (1,40 м шириной) на восток, целла располагалась с западной стороны (10,5 м в длину и 7,8 м в ширину). Эти построения были окружены стенами толщиной от 5,6 м до 6 м и больше. Это один из самых ранних храмов античности, особенно распространенных во времена высокой сирийской античности. Не известно какому богу был посвящен данный храм: П. Маттиа предполагает, что богу Куре. После первого разрушения Эблы это построение было заменено двумя храмами: «Храм HH4» размером (17,30 м × 10,90 м), также имеющий античный тип, состоящий из вестибюля и вытянутой целлы и «Храм HH5» (10,50 м × 5,50 метра), расположенный рядом с предыдущим и похожий по форме. Позже эти два храма были разрушены в конце протосирийского периода. Исследование храма Иштар привело к открытию еще одного храма, «Красного храма», названного так из-за цвета кирпичей. Его строение было очень схоже со строением «Храма скалы». Из-за близкого расположения к дворцу, «Красный храм» скорее всего являлся важным элементом в богослужении. Предположительно, в нем мог проходить царский ритуал.