Были в его жизни и годы запустения, было и время расцвета, когда он становился одной из богатейших и привилегированных обителей Руси.
В эпоху Великой смуты он был захвачен и разграблен польскими войсками, которыми руководил гетман Ходкевич.
На протяжении нескольких последующих лет здесь царило запустение. Восстановили обитель Романовы: цари Михаил Фёдорович и Алексей Михайлович. С этого времени любимым местом моления государей становится Донской монастырь в Москве.
Обитель становится одной из самых больших, богатых и почитаемых в стране.
В 1698 году, по обету сестры царя Петра I, здесь был возведен новый красивый собор в честь Донской иконы, который ныне называется Большим. Отличается своеобразной архитектурой.
Он пятиглавый с большой галереей по периметру.
В Большом соборе находится одна их главных святынь монастыря — икона Донской Божией Матери (вторая икона)
Икона Божьей матери Донской (первая) сохранилась до наших дней. Находится она в Третьяковской галерее.