Первые упоминания о селе Шкинь относятся к 15 веку. В 18 веке в селе Шкинь была деревянная церковь, имевшая посвящение во имя Святого Архистратига Михаила.
Каменная церковь была построена по заказу владельца имения Гавриилы Ильича Бибикова - известного московского мецената, владевшего также и другим подмосковным имением - усадьбой Гребнево. В 1794 году вместо обветшавшей деревянной церкви началось грандиозное строительство ныне существующего каменного храма. К 1800 году храм был закончен и освящен.
По одной из гипотез строительство столь значительного по размаху сооружения было доверено одному из лучших учеников М.Ф.Казакова - Родиону Казакову. С точки зрения архитектуры эта церковь является типичным образцом московского классицизма. Монументальное здание украшено двадцатью мощными белокаменными колоннами. Лоджия западного входа венчается двумя звонницами. Храм был расписан в 19 веке уже при сыне Г.И.Бибикова.
В 1930 году храм был закрыт, но не разорен. По рассказам местной жительницы, растаскивать церковное добро начали после войны. В 1960-е годы храм приспособлен под склад. В это же время были растесаны часть проемов для въезда тракторов и погрузочной техники. Когда сбрасывали колокол - растесали проем колокольни. При падении колокол отбил белокаменный карниз храма с западной его стороны.
В 1992 году храм был возвращен верующим. Еще совсем недавно храм мог рухнуть, если бы не была начата реставрация. В 2014 году был создан Попечительский совет по восстановлению храма. На данный момент основные реставрационные работы завершены.
В январе 2020 года в селе открыт обелиск, посвященный русскому дворянскому роду Бибиковых, многие представители которого являлись выдающимися личностями. Композиция высотой 9,5 м выполнена в виде белокаменной колонны, которую завершает бронзовый герб рода Бибиковых.