Это самый мощный водный источник в России и второй по величине в Европе. По расходу воды его опережает только источник Фонтен де Воклюз во Франции.
Красный ключ представляет собой выход на поверхность подземной реки Яманъелга (в переводе с башкирского означает «плохая» - из-за карстовых воронок и суходолов). Она берет начало на склоне хребта Каратау, затем уходит под землю и течет там более 60 километров. Родник расположен на юго-западной оконечности Уфимского плато, славящегося своим карстом. Бьет в основании левого склона долины реки Уфа . Местность сложна известняками артинского яруса
Мощный поток воды выходит на поверхность из карстового озера с глубокой воронкой. Чуть севернее - еще одно озеро. В прошлом они соединялись друг с другом, но теперь они отделены искусственной насыпью. По всей видимости, это сделано предприятием по розливу воды. Зимой верхнее озеро замерзает.
Согласно измерениям, глубина одной воронки достигает 38 метров, а второй – 20 метров. Озера из-за особенностей преломления света имеют зеленовато-голубой цвет. На нижнем озере сооружена плотина.
