Родился в семье преуспевающего торговца сигарами. Закончил престижную школу в Бедфорде, где во время учебы проявил себе хорошим спортсменом и способным учеником. Вскоре поступил в Эдинбургский университет, однако в 1945 г., незадолго до окончания Второй мировой войны, оставил его ради военной службы. После двух лет в морской пехоте Фаулз отказался от военной карьеры и поступил в Оксфордский университет, специализируясь во французском и немецком языках. В 1950—1963 гг. Фаулз преподавал в университете города Пуатье во Франции, затем в гимназии на греческом острове Спецес, послужившем прообразом места действия в романе «Волхв», и в лондонском Колледже Святого Годрика.
Первый же опубликованный роман Фаулза «Коллекционер» принёс ему успех и избавил от необходимости зарабатывать на жизнь учительским трудом. До конца 1960-х годов вышли в свет ещё два романа, крупных по объёму и дерзких по замыслу, – «Волхв» и «Женщина французского лейтенанта», а также два издания книги «Аристос», подзаголовок которой – «Автопортрет в идеях» – даёт представление и о содержании этой работы, и о ее значении для понимания раннего этапа творчества Фаулза.
В 1968 г. Фаулз поселился в небольшом городке Лайм-Реджис на юге Англии. Большую часть жизни он провел в своем доме на берегу моря и снискал славу замкнутого человека. Интерес к истории, особенно отразившийся в романах «Любовница французского лейтенанта» и «Червь», был присущ Фаулзу не только за письменным столом, поскольку в 1979 г. писатель возглавил городской музей и занимал этот пост в течение десяти лет.Здоровье Фаулза основательно подорвал инсульт, поразивший его в 1988. Джон Фаулз был дважды женат, его первая жена Элизабет умерла в 1990 году. Основные произведения Фаулза получили мировое признание, а снятые на их основе кинофильмы способствовали популярности и коммерческому успеху книг писателя.
С 1968 года Фаулз живет на южном побережье Англии -- в городе Лайм-Риджисе (Lyme Regis). Здесь же теперь проводятся посвященные ему симпозиумы.
В 1999 году писатель выпустил книгу эссе "Червоточины". Но теперь наступило скорее время изданий о Фаулзе вроде книги интервью или сборника "Фаулз и природа", где литературоведы анализируют роль пейзажа в творчестве писателя.
Фаулз не ограничивался крупной литературной формой – он великолепно переводил с французского, писал киносценарии, литературно-критические статьи. В сферу его интересов попадали и такие, на первый взгляд не заслуживающие внимания известного писателя и мужчины, темы, как домашнее консервирование, феминизм, игра в крокет.
В последнем интервью, данном в 2003 г., Джон Фаулз жаловался на повышенное и надоедливое внимание к его персоне. "Писателя, более или менее известного, живущего уединенно, всегда будут преследовать читатели. Они хотят его видеть, говорить с ним. И они не осознают, что очень часто это действует на нервы".
В последние годы жизни Фаулз был тяжело болен. 5 ноября 2005 года на 80-м году жизни писатель скончался.