Контракт 32-летнего форварда истекает в конце сезона, и ему сказали, что он не будет продлен.
Аргентинец, подписавший контракт с мадридским "Атлетико" в 2011 году, забил 257 голов в 384 матчах за клуб.
"Под руководством владельцев и вкладом многих игроков мы заслужили место среди величайших игроков мира", - сказал Агуэро.
Он будет удостоен статуи на стадионе "Этихад" вместе с титулованным