фильм начинается с представления подводного города Бикини-Боттом и главных героев. Ранним утром Гэри будит своего хозяина, Губку Боба , после чего тот спешит крикнуть Патрику «Доброе утро». Друзья обмениваются криками, к раздражению их соседа Сквидварда , после чего Губка Боб идёт завтракать вместе с Гэри, попутно показывая счастливую повседневность Боба и Гэри, а затем спешит на работу в «Красти Краб», оставляя Гэри грустным и одиноким. В «Красти Крабе» Губка Боб по прибытии непреднамеренно раздражает Сквидварда своими проделками, затем мистер Крабс выходит из офиса и приказывает Бобу поднять флаги с вывеской и развернуть дымовые трубы. В это же время в «Помойном ведре» Планктон строит ещё один злой план, чтобы получить секретную формулу крабсбургера , но Карен перебивает его и напоминает ему о его «стене неудач», которая представляет собой огромную стену, заполненную фотографиями неудач Планктона. Этим она убеждает Планктона, что истинная причина всех его неудач — Губка Боб. Однако Планктон лишь игнорирует её и продолжает работать над своим планом…
В «Красти Крабе» Губка Боб занят приготовлением и подачей крабсбургеров, и в это время в ресторан заходит Сэнди со своим новым изобретением — роботом-менеджером по имени Отто. Она показывает робота мистеру Крабсу, и он решает принять его из-за бесчувственности. Однако, как только Отто начинает получать контроль над офисом Крабса и разбрасываться в краба словами «Ты уволен!», Юджин не выдерживает и выбрасывает робота в мусорный бак Планктона, после чего Карен решает забрать Отто к себе, считая его симпатичным.
Ночью в «Красти Крабе» мистер Крабс перед уходом говорит Губке Бобу, чтобы он убрался в ресторане, что он и делает. Боб по завершении уборки выходит из кухни, и камера приближается к банке солёных огурцов, в которой спрятался Планктон, готовящийся украсть формулу. Он использует гигантский механический коготь, чтобы снять крышку с крабсбургера. Он успешно снимает её, берёт кусочек мяса и кладёт в анализатор, который распечатывает секретную формулу. Однако Губка Боб возвращается на кухню в поисках ключей, в ходе чего формула вылетает из рук Планктона и погоня за ней заканчиваются для Шелдона измельчением и падением во фритюрницу (в ходе чего, вполне вероятно, листок с формулой уничтожается) — в этот момент он осознаёт, что Губка Боб в действительности является настоящей причиной всех его неудач в попытке завладеть формулой крабсбургера.
Тем временем, в затерянном городе Атлантида-Сити его правитель Посейдон жалуется на морщинки под глазами, после чего просит Канцлера принести ему улитку, у которой царь использует её слизь в качестве крема для лица . В этот момент он внезапно обнаруживает, что у улитки закончилась слизь, после чего он приказывает немедленно принести ему другую улитку, но Канцлер говорит Посейдону, что у них закончились улитки, что приводит к тому, что он пишет королевский указ о предоставлении новой улитки Посейдону. Планктон читает данный указ, после чего ему приходит в голову идея похитить Гэри и отправить Губку Боба на рискованную миссию по возвращению своего питомца, тем самым навсегда избавившись от своего источника неудач.
На следующее утро Губка Боб приходит домой с работы и приветствует Гэри, но никакого отклика не получает. Боб начинает искать питомца и понимает, что Гэри пропал; он расклеивает плакаты по всему городу и в слезах вспоминает, как он в детстве впервые встретил Гэри в летнем лагере «Коралл». В дом Губки Боба прибегает Патрик, который говорит расстроенному другу, что он нашёл один из плакатов с потерявшимся Гэри. Патрик находит упомянутый ранее королевский указ, отсылающий к тому, что Гэри был похищен и доставлен в затерянный город Атлантида-Сити, которым правит тиран Посейдон. Однако Губка Боб не решается на спасение, ссылаясь на свою неуверенность, но Патрик тут же подбадривает его и говорит, что отправится вместе с ним. Губка Боб и Патрик готовы отправиться спасать Гэри, но для этого им, как ни странно, понадобится машина. К счастью, Планктон (как часть его плана) предоставляет Губке Бобу и Патрику бесплатный катер с Отто в качестве водителя, после чего герои отправляются на опасную миссию по спасению Гэри. В это же время мистер Крабс и Сквидвард не справляются с одичавшей толпой клиентов, после осознания того, что Губка Боб пропал.