Первый европейский университет открыли в Болонье. Когда именно он начал работу, сказать трудно, датой основания считается 1088 год, когда самый известный глоссатор (юрист) Ирнерий прочёл здесь свою лекцию по римскому праву. Учреждение, призванное изучать римское, а позже и каноническое право, с самого начала отличалось от остальных особым внутренним устройством.
На обучение съезжались молодые люди из дальних мест, объединялись в группы (землячества) и нанимали преподавателей. К моменту выступления именитого профессора несколько сообществ объединились в Студиум . Лидеры движения решали, каких именно учителей приглашать, какую платить зарплату и как штрафовать, если те не укладывались в программу. Профессора требовали от студентов посещения лекций и своевременной сдачи экзаменов, что также было закреплено в документе. Вскоре появился единый свод правил, а Студиум получил статус городского органа.
Учебное заведение взял под опеку германский император Фридрих Барбаросса, который по совместительству был королём Ломбардии. В 1158 году он подписал хартию, в которой предоставил всем студентам-юристам из Болоньи свободно путешествовать по странам и пользоваться его покровительством. Популярность росла с каждым годом, однако поступить сюда благодаря высокому положению родителей было невозможно. Для зачисления на курс нужны были только знания, требования к сыну ремесленника и вельможи были совершенно одинаковыми. Уже в то время среди студентов и преподавателей были женщины.
Светское учебное заведение не подчинялось напрямую папе, что особенно замечательно для того времени. Церковь нашла способ влияния, в 1364 году здесь открыли Богословский факультет, где получили образование великий Франческо Петрарка, Данте Алигьери , Гидо Гинизелли . Позже, наряду с юриспруденцией и теологией стали преподавать литературу, философию и медицину. Впервые в мире изучали анатомию тела человека и животного на трупах. Университет стал альма-матер для Николая Коперника, Леона Батиста Альберти и Пико Делла Мирандоле.