Исследователи генетики представили новый набор стандартов отчетности для расчета риска заболевания человека на основе его генетического профиля. С помощью числа, известного как полигенная оценка риска, можно количественно оценить влияние нескольких генетических изменений на вероятность развития у пациента таких состояний, как рак груди или ишемическая болезнь сердца. Вообще говоря, единичная мутация мало влияет на риск, но их совокупность может увеличить шансы болезни. Новые стандарты призваны систематизировать способ, которым исследователи сообщают о своих работах по оценке полигенного риска, чтобы эти работы была понятными и пригодными для использования другими.
«Предложенная здесь структура исходит от очень уважаемых групп... которые продумали, как определять термины в этой области. Это меня очень увлекает», - говорит Эймер Кенни, директор Института геномного здоровья при Медицинской школе Маунт-Синай. Эта работа является результатом совместных усилий Рабочей группы по комплексным заболеваниям ClinGen (США) и администраторов Каталога полигенных оценок (Европа) по каталогизации связей между генетическими изменениями и рисками заболевания.
Новые стандарты были опубликованы в журнале Nature 10 марта. Авторы отмечают, что за последнее десятилетие было опубликовано более 900 статей о показателях полигенного риска, и это послужило причиной для их работы по систематизации передовых практик. Хотя стандарты в первую очередь направлены на улучшение прозрачности во взаимоотношениях исследователей по вопросам оценок полигенного риска, долгосрочная цель состоит во включении этих знаний в правила и рекомендации для врачей по уходу за пациентами.
«Многие статьи ... на самом деле не содержали информации, необходимой нам для понимания их специфики, нюансов и контекста», - говорит автор статьи Женевьев Войцик, генетический эпидемиолог из школы общественного здравоохранения Джонса Хопкинса. «Было просто невозможно понять: хороший ли это результат? Плохой ли? Как это можно применить?»
Основой для оценки полигенного риска являются полногеномные ассоциативные исследования, цель которых - установить связи между генетическими вариациями и многочисленными человеческими особенностями в изучаемой популяции, от поведения до болезни. Для этого требуются выборки на уровне населения, и до настоящего времени такая работа в основном проводилась среди людей с европейскими корнями.
Авторы определили минимальное количество деталей, необходимых для того, чтобы любая статья, в которой сообщается о показателях полигенного риска, была полной, понятной и воспроизводимой. Эти 22 элемента включают в себя документирование того, направлено ли исследование на разработку или проверку полигенной оценки риска, демографические данные участников, способ сбора генетических данных и статистические методы, используемые для разработки или проверки оценок риска.
Стандарты также требуют, чтобы исследователи предоставляли достаточно информации для того, чтобы другие ученые могли воспроизвести их работу. «За последние несколько лет мы сделали большой шаг в сторону прозрачности и воспроизводимости практически во всех областях науки», - говорит Войчик.
Полигенный показатель риска - это не прогнозирование риска развития заболевания у человека, подчеркивает эпидемиолог Сьюзан Нойхаузен из онкологического центра City of Hope в южной Калифорнии, а скорее еще один элемент профиля риска, который также может включать семейный анамнез, токсическое воздействие окружающей среды или такие факторы, как содержание в крови сахара или холестерина. Учитывая эти детали, Нойхаузен, изучающая генетические детерминанты рака груди у латиноамериканских женщин, говорит, что она считает оценки полигенного риска полезными и что новые стандарты помогут улучшить понимание среди научных и медицинских сообществ смысла оценки полигенного риска.
«Чтобы понимать, какие полигенные оценки риска действительно работают, а какие абсолютно бесполезны, в научных публикациях недостаточно подробностей и они не приведены к "общему знаменателю"», - говорит Нойхаузен.
Войчик отмечает, что эти рекомендации по отчетности не обязательны, но говорит, что следование им повысит пользу для исследования и оценки полигенного риска.
«Полигенные оценки риска не новость, но ажиотаж по поводу них резко возрос в последние три или четыре года», - говорит Кенни, который сотрудничал с Войчиком, но не участвовал в проекте. Кенни говорит, что вычислительные возможности для получения оценки полигенного риска в крупных масштабах в последние годы выросли, что делает существование четких стандартов сообщения и интерпретации результатов в этой сфере более важным, чем когда-либо раньше. Она говорит, что разговор о полигенных оценках риска вышел далеко за пределы генетики и теперь входит в такие области, как антропология и информатика, что делает важным общее понимание терминов.
Одним из предлагаемых элементов данных в новых стандартах является происхождение участников исследования. «Совершенно очевидно, что подавляющее большинство [оценок полигенного риска] было разработано на основе исследований людей европейского происхождения», - говорит Нойхаузен, отмечая, что эти оценки теряют свою прогностическую ценность для людей с наибольшим генетическим отклонением от исходных образцов. Существующие оценки риска достаточно эффективны для латиноамериканцев, которых она изучает, но менее эффективны для азиатских групп и почти бесполезны для людей африканского происхождения. Для решения этой проблемы, отмечает Кенни, Национальный исследовательский институт генома человека США планирует в этом году профинансировать Консорциум по разнообразию оценок полигенного риска.
