После распада Советского Союза воинские части и соединения внутренних войск МВД России продолжали выполнять служебно-боевые задачи: участвовали в охране общественного порядка, обеспечивали общественную безопасность и режим чрезвычайного положения; охраняли важные государственные объекты и специальные грузы, исправительно-трудовые учреждения; осуществляли конвоирование осужденных и лиц, заключенных под стражу.
В это время была разработана нормативная правовая основа деятельности внутренних войск и их органов управления, созданы новые оперативные органы управления на Северном Кавказе.
События 1994-1996 годов в Чеченской Республике стали испытанием на прочность для личного состава внутренних войск. Военнослужащие достойно выполнили поставленные задачи, продемонстрировали смелость, отвагу и мужество в боях с террористами. Около 10,5 тысяч военнослужащих внутренних войск были награждены орденами и медалями. 25 были удостоены звания Героя Российской Федерации, 18 из них посмертно.
В конце XX – начале ХХI века основным предназначением внутренних войск становится противодействие внутренним угрозам национальной безопасности: попыткам свержения конституционного строя, деятельности незаконных вооруженных формирований, терроризму.
В связи с этим повысился статус органов управления войсками: в феврале 1997 года была учреждена должность заместителя министра внутренних дел – главнокомандующего внутренними войсками МВД России, а в апреле 1999 года создан главный штаб внутренних войск МВД России.
В 2008 году была проведена реформа системы управления войск – округа внутренних войск были реорганизованы в региональные командования в границах федеральных округов страны.
Большое значение имело утверждение Президентом Российской Федерации 3 августа 2009 года Устава внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации.
В дальнейшем внутренние войска продолжали выполнение служебно-боевых задач по участию в борьбе с терроризмом и обеспечении правового режима контртеррористических операций, оказанию содействия пограничным органам ФСБ России в охране границы Российской Федерации.
Особое внимание было уделено празднованию 300-летия Санкт-Петербурга, 1000-летия Казани, подготовке и проведению XXII Олимпийских зимних игр и XI Паралимпийских зимних игр в 2014 году в Сочи, XXVII Всемирной летней универсиады в Казани и ряда других международных соревнований, для чего создавались временные оперативные группировки внутренних войск.
Таким образом, внутренние войска, являясь основным силовым компонентом МВД России, обеспечивали внутреннюю безопасность страны, играли важную роль в пресечении внутренних конфликтов и борьбе с терроризмом. Кроме того продолжало совершенствоваться взаимодействие внутренних войск с органами внутренних дел и другими силовыми структурами государства.
