На основании отечественных исторических и литературных источников собрана достоверная информация о руководителях академии, трудом которых учебное заведение приобрело заслуженный авторитет, сформировалось как общепризнанный центр подготовки врачебных и научных кадров, имеющий характер национального достояния.
Рингебройг
(1800—1802) Карл Иоганн-Христиан (Иоанн Христофор) Рингебройг — председатель конференции профессоров;
Буш
(1802—1803) Иоганн-Петр Фридрих (Иван Фёдорович) Буш — председатель конференции профессоров;
Загорский
(1804—1805) Пётр Андреевич Загорский — председатель конференции профессоров;
Франк
(1805—1808) Иоганн Петр (Иван Петрович) Франк — ректор;
Виллие
(1808—1838) Яков Васильевич Виллие (Джеймс Вайли) — президент;
Шлегель
(1838—1851) Иоганн (Иван Богданович) Шлегель — президент;
Пеликан
(1851—1856) Вацлав (Венцеслав Венцеславович) Пеликан — президент;
Дубовицкий
(1857—1867) Пётр Александрович Дубовицкий — президент;
Наранович
(1867—1869) Павел Андреевич Наранович — начальник;
Козлов
(1869—1871) Николай Илларионович Козлов — начальник;
Чистович
(1871—1875) Яков Алексеевич Чистович — начальник;
Быков
(1875—1890) Александр Михайлович Быков — начальник;
Пашутин
(1890—1901) Виктор Васильевич Пашутин — начальник;
Таренецкий
(1901—1905) Александр Иванович Таренецкий — начальник;
Бехтерев
(1905—1906) Владимир Михайлович Бехтерев — исполняющий обязанности начальника;
Данилевский
(1906—1910) Александр Яковлевич Данилевский — начальник;
Вельяминов
(1910—1912) Николай Александрович Вельяминов — начальник;
Макавеев
Оппель
(апрель 1917 — июнь 1917) Владимир Андреевич Оппель — исполняющий обязанности начальника;
Ильин
(июнь 1917— декабрь 1917) Михаил Дмитриевич Ильин — временно исполняющий должность президента;
Тонков
(1917—1925) Владимир Николаевич Тонков — президент, затем начальник;
Воячек
(1925—1930) Владимир Игнатьевич Воячек — начальник;
Кангелари
(1930—1934) Валентин Александрович Кангелари — начальник;
Кючарианц
(1934—1940) Арутюн Григоревич Кючарианц — начальник;
Ахутин
(1940—1941) Михаил Никифорович Ахутин — начальник;
Лукашевич
(1941—1942) Дмитрий Николаевич Лукашевич — исполняющий обязанности начальника;
Маслов
(1942—1943) Леонид Романович Маслов — начальник;
Орбели
(1943—1950) Левон (Леон) Абгарович Орбели — начальник;
Столыпин
(1950—1952) Павел Григорьевич Столыпин — начальник;
Завалишин
(1952—1953) Николай Иванович Завалишин — начальник;
Смирнов
(апрель 1953—сентября 1953) Ефим Иванович Смирнов — начальник;
Гончаров
(1953—1968) Павел Поликарпович Гончаров — начальник;
Иванов
(1968—1988) Николай Геннадьевич Иванов — начальник;
Яковлев
(1988—1992) Герман Михайлович Яковлев — начальник;
Шевченко
(1992—2000) Юрий Леонидович Шевченко — начальник;
Гайдар
(2000—2007) Борис Всеволодович Гайдар — начальник;
Белевитин
(2007—2011) Александр Борисович Белевитин — начальник;
Бельских
(2012—2018) Андрей Николаевич Бельских — начальник;
Фисун
(2018-2020) Александр Яковлевич Фисун — начальник;
Крюков
(2018-2020) Евгений Владимирович Крюков — начальник;
В историю отечественной медицины золотыми буквами вписаны имена выдающихся руководителей академии.