Марлон родился весной 1924 года в семье Дороти Пенибэйкер и Марлона Брандо-старшего. В детстве мальчика называли Бадом.
Мама была актрисой и играла на сцене театра Омахи, городка в штате Небраска. Она поддерживала товарищеские отношения с будущей мировой знаменитостью – актером Генри Фондой.
Отец Марлона владел собственным бизнесом по производству кормовых и химических добавок. Он был жестким и деспотичным человеком, запрещал домочадцам проявление эмоций и нежностей.
Единственной отдушиной для Доди (так в семье называли маму) была музыка: она любила петь, аккомпанируя себе на фортепиано. Но терпения женщины надолго не хватило.Баду было шесть лет, его сестрам – одиннадцать и восемь, когда вся семья переехала в городок Эванстон под Чикаго. Начиналась Великая депрессия.
Брандо-старшему предложили место менеджера по продажам в корпорации по производству кальция, что для него было хорошим выходом из сложившейся ситуации с собственным упадком в бизнесе. Доди категорически не желала уезжать, ведь в Эванстоне не было ни одного театра, но мужу перечить не посмела. Она стала пить еще больше, за детьми присматривала молодая домработница Эрми, к которой мальчик очень сильно привязался.
Детей отдали в престижную школу имени Авраама Линкольна, но Бад долгое время чурался сверстников. Он чувствовал себя всеми брошенным: мама им не занималась, Эрми уволилась и уехала, отец лишь ругал и стыдил его за малейший проступок, а иногда и просто так. Ощущение несправедливости этого мира засело в мальчике и пустило горькие корни.Тем не менее, один друг у него появился. Одиннадцатилетний Уолли Кокс увлекался кино и пристрастил к нему своего одноклассника Бада. Вместе они пересмотрели все картины, которые только привозились в кинотеатр.
Тогда впервые мальчик задумался о том, что тоже мог бы стать актером. Вскоре Доди забрала детей и переехала от деспотичного мужа к своей маме в Санта-Ану, городок в Калифорнии. Мама все так же выпивала, но занялась образованием дочерей: Фрэнсис всерьез увлеклась живописью, а Джослин решила, что пойдет по стопам матери и будет играть на сцене. Бад был уже подростком и болезненно воспринимал то, что до него снова никому нет дела. Он стал вести себя вызывающе, а в школе постоянно конфликтовал с педагогами и сверстниками (зато проявлял успехи в спорте).Тем временем Брандо-старший вернул семью и перевез всех в небольшой поселок в штате Иллинойс, где все поселились в большом доме, который предоставила ферма, нанявшая мужчину на руководящую должность. Бад увлекся музыкой, стал барабанщиком в самодеятельном коллективе. К тому же в школе был драмкружок, и он увлеченно изображал в спектаклях злодеев. Но он совершенно не умел играть романтических или комических героев, поэтому вскоре бросил занятия и занялся чтением книг, которых было в избытке у его матери. Как многие в то время, Брандо стал слушать радиопостановки и пытался имитировать голоса артистов. Затем он начал пародировать окружающих и вел себя все высокомерней по отношению к приятелям и учителям, за что неоднократно бывал наказан.
Чтобы присмирить юного бунтаря, отец отправил его в военное училище Шэттак, где когда-то учился сам.
Бад нашел там для себя подходящие занятия: он стал завсегдатаем читального зала, с упоением посещал кинотеатр и демонстрировал свой актерский талант местному профессору английского языка Эрлу Вагнеру, читая наизусть отрывки из Уильяма Шекспира. Он вышел на сцену местного театра, уже гораздо лучше справившись с порученной ролью и сорвав овации зрителей. После этого педагог написал родителям Марлона восхищенное письмо, убеждая их в том, что у их сына – несомненный актерский дар, который нельзя зарывать в военном училище.
Отец был в ярости. В его понимании все актеры были людьми нетрадиционной ориентации, а их профессия – постыдной. Но было поздно.