Минеральные удобрения изменяют видовой состав почвенных микроорганизмов. Значительно увеличивается количество бактерий, способных усваивать минеральные формы азота, но уменьшается количество симбиотических микроорганизмов в ризосфере растений (ризосфера - это участок почвы, прилегающий к корневой системе). Азотфиксирующие бактерии оказываются ненужными и их количество резко снижается. Количество почвенных грибов снижает. В результате выделение органических соединений корневой системой растений уменьшается. Активируются токсинообразующие микрогрибы, количество которых естественным образом контролируется полезными микроорганизмами. Внесение извести не спасает положение и иногда приводит к увеличению загрязнения почвы возбудителями корневых гнилей.
Минеральные удобрения вызывают сильное угнетение почвенных животных: ногохвосток, круглых червей, фитофагов (они питаются растениями) и энтомофагов (питаются фитофагами), а также снижение ферментативной активности почвы.
Все эти последствия можно избежать лишь перейдя с использвания минеральных удобрений на органические. Хотя органические удобрения, как правило, имеют меньше питательных веществ (азота, фосфора,калия), чем минеральные, однако обладая более быстрой растворимостью, часто отдают растениям намного больше «пищи», чем требуется для их роста и развития. Органические удобрения питают медленнее, что делает их более эффективными, и исключают возможность загрязнения окружающей среды. Кроме того, минеральные удобрения не привносят в почву органическое вещество, которое является пищей для почвенных микроорганизмов.
