Режим истории Mortal Kombat 9 содержит 16 глав, рассказывающих связную историю о событиях первых трех игр с различными изменениями. Каждая глава фокусируется на одном персонаже из серии (за исключением главы 11, где финальный бой принимает Лю Кенг) и содержит комбинацию боев и кат-сцен.
Ниже приведен список глав по порядку:
1. Джонни Кейдж
2. Соня Блейд
3. Скорпион
4. Сайракс (Человек)
5. Лю Кенг
6. Джакс
7. Смоук
8. Саб-Зиро (Куай Лян)
9. Китана
10. Джейд
11. Кун Лао
12. Страйкер
13. Кабал
14. Кибер Саб-Зиро
15. Ночной Волк
16. Рейден
ПРОЛОГ
История начинается с последствий Армагеддона, где почти все бойцы были убиты. Показано, что выжили только двое: Рейден и Шао Кан. Кан увеличил свои силы, убив Блейза, и в настоящее время легко одерживает верх над богом грома и насмехается над ним, уничтожая его медальон в процессе. Понимая, что битва проиграна, Рейден собирает осколки своего медальона и посылает загадочное сообщение своему прошлому «я», включая слова «Он должен победить» - за несколько мгновений до того, как Шао Кан нанесет ему смертельный удар.
Глава 1 - Джонни Кейдж
Сообщение Рейдена, наряду с серией мысленных образов, перемещается назад во времени к событиям первого турнира Mortal Kombat, показанного в серии, состоявшейся на острове Шанг Цунга. Рейден прошлого не только ощущает эти видения, но и замечает, что его амулет треснул. Он ничего не думает об этом сначала, так как турнир начинается.
Шанг Цунг приветствует бойцов на турнире. Он также представляет себя как последнее испытание упомянутого турнира. Джонни Кейдж, оскорбив Шан Цунга за его спиной, вызван первым, чтобы сразиться с Рептилией. Кейдж побеждает, и Шанг называет Бараку его следующим противником. Кейдж побеждает Бараку и получает приказ «прикончить» его, но не подчиняется. Сразу же после этого Кейджа поздравляет с его победами Рейден, который вместе с Лю Кенгом предупреждает его , что Земное Царство находится в смертельной опасности. Однако он не воспринимает их предупреждения всерьез и вместо этого пытается пригласить Соню Блейд на свидание.
Затем действие переходит к мосту через Яму, где Кейдж пытается добиться расположения Сони, к большому ее раздражению. В конце концов она злится, что приводит к драке. Кейдж выигрывает бой, но Кано появляется позади него и сбрасывает его с моста, двигаясь вперед, чтобы прикончить ослабевшую Соню. Однако Джонни удается взобраться обратно на мост и победить Кано. Соня благодарит его и рассказывает, кто такой Кано.
Глава 2 - Соня Блейд
Затем Соня рассказывает, что ищет своего начальника, Джакса Бриггса, который находится в плену где-то на острове. Она отправляется вместе с Джонни на поиски Джакса и находит его запертым в тюремной камере в логове Горо. Когда она пытается освободить Джакса, появляется Шанг Цунг и говорит Соне, что он ждал ее. Она пытается сказать ему, что она не является частью его планов и требует, чтобы он освободил Джакса, на что Шанг отвечает, что Соня действительно боец и что она столкнется с Саб-Зиро. После того как Соня побеждает убийцу из Лин Куэй, появляется Рейден и получает еще одно видение, в котором Лю Кенг побеждает Шанг Цунга. Полагая, что это что-то значит, Райден пытается помешать Соне напасть на Шанга, но вместо этого лейтенант спецназа нападает на него. Приказав Соне остановиться, Райден помогает ей освободить Джакса, создавая ослепительную вспышку света. Когда Соня и Джакс убегают, они сталкиваются с Китаной и Джейд, но Соне удается победить их обеих. Вскоре после этого прилетает вертолет, но его тут же взрывает огненный шар. Соня поворачивается к Шанг Цунгу, который говорит ей, что Кано бросает ей вызов на бой. Кано издевается над Соней за то, что рядом нет Джонни, чтобы защитить ее. Соня, однако, побеждает Кано и пытается взять его под стражу, но вмешивается Шанг. Затем Кано уходит вместе с колдуном. Появляются Рейден, Лю Кан и Джонни Кейдж, и бог грома использует свою магию, чтобы исцелить раненого Джакса. Рейден говорит группе, что он получает видения из будущего об Армагеддоне и считает, что они должны что-то делать, чтобы предотвратить эту трагедию, начиная с победы в турнире. Соня, Джонни и Джакс соглашаются с Рейденом.
