Предшественницей СИЗО №2, расположенного в Адмиралтейской слободе на стрелке между Казанкой и Волгой, была Пересыльная тюрьма НКВД. Разместилась она в здании Макарьевской церкви, построенной в 1712 году и «перепрофилированной» в тюрьму в 1936-м. Статус следственного изолятора учреждение получило в 1963 году. Современный вид изолятор приобрёл в 1984 году.