Для самообороны на катерах всех вариантов устанавливается по одной автоматической облегченной артиллерийской установке АК-176М калибра 76, 2 мм с боезапасом 152 унитарных снаряда, а также по одной 30-мм автоматической артиллерийской установке АК-630М с боезапасом 2000 патронов (этот автомат сдвоен по вертикали и состоит из двух 6-ствольных блоков, поэтому скорострельность достигает 10000 выстр. /мин)
Ракетное оружие, которое устанавливается на катерах пр.
02065, может быть ударным и зенитным. Так, для ракетного катера Вихрь-IV предназначен ударный противокорабельный комплекс Уран-Э, а для катера Вихрь — комплекс Термит-Рубеж.
Экспортный вариант ракетного катера с Уран-Э имеет 2 комплекта такого оружия. Каждый состоит из пусковой установки КТ-184 и двух противокорабельных ракет Х-35. К зенитному оружию относятся переносные комплексы Игла-1М (12 ракет в боезапасе), для которых оборудован пост для стрельбы.
Торпедным вооружением оснащаются лишь большие торпедные катера на подводных крыльях Вихрь-I. На этих катерах установлены 4 однотрубных торпедных аппарата калибра 533, 4 мм типа ОТА-53-206МЭ.
Могут применяться торпеды типов 53-56В или 53ВА, а также торпеды 53-65КЭ (дальноходная кислородная самонаводящаяся торпеда).
В качестве одного из средств радиоэлектронного противодействия на катерах Вихрь-I, Вихрь-II и Вихрь-III предусмотрены две пакетные корабельные установки типа ПК-16 с боезапасом по 16 снарядов пассивных помех на каждую.
Для создания дымовых завес на катерах имеется по 4 комплекта морских дымовых шашек типа МДШ.
Радиотехническое вооружение представлено широкой номенклатурой образцов различного назначения. Так, для обеспечения задач навигации применена РЛС типа МР-102, а для управления стрельбой обеими артустановками используется РЛС Вымпел-АМЭ. В качестве средства опознавания на них смонтирована РЛС Нихром-РР.
На всех катерах (кроме Вихрь-IV) установлено по одному комплекту РЛС предупреждения об излучении типа СПО-3. Катера Вихрь-IV имеют специализированные корабельные системы управления РЛС обнаружения надводных целей и целеуказания комплексу ракетного оружия Уран-Э (с навигационным каналом, активно-пассивный режим работы).
Все катера оснащены автоматизированным комплексом связи Р-784-Э.