Никита Панфилов родился 30 апреля 1979 года в Москве, в театральной семье. Отец-Владислав Владимирович Панфилов, руководитель московского Театра охочих комедиантов, доцент Академии повышения квалификации работников искусства, культуры и туризма. Мать-режиссер в Московском театре "Монотон"
В возрасте пяти лет Никита выступает на сцене в роли Ивана-царевича в одной из детских постановок, а в четырнадцать лет-Деда Мороза. В московской средней школе номер 809 занимался в секции греко-римской борьбы. К восьмому классу стал мастером спорта и вошел в олимпийский резерв юношеской сборной страны.
Окончив среднюю школу в 1996 году, поступил на актерский факультет Института современного искусства в Москве. Затем прошел военную службу по призыву в рядах Вооруженных сил России. После службы подал документы сразу в несколько московских высших театральных учебных заведении.
В 2002 году поступил, а в 2006 году окончил актерский факультет Школы-студии МХАТ в Москве (руководители курса-Игорь Яковлевич Золотовицкий и Сергей Иванович Земцов), после чего был принят в труппу Московского Художественного театра имени А. П. Чехова, где студентом, в 2003 году дебютировал в роли Икара в спектакле "Осада" Евгения Гришковца. Прослужил в МХАТ имени А. П. Чехова десять лет (2006-2016)
В 2005 году дебютировал на телевидении, сыграв главную роль в телесериале "Адъютанты любви". После этого были небольшие роли в фильмах "Веревка из песка", "Погоня за ангелом", в сериалах "Атлантида", "Путейцы", "Мать-и-мачеха" и других. В 2012 году вышел художественный фильм "Духiess", в котором Никита Панфилов сыграл Мишу Вуду. Широкую известность актер получил в 20015 году благодаря главной роли в телесериале "Пес". За роль Стаса Агапова, антагониста героя Павла Прилучного, в сериале "Можор" (2014-2016), Панфилов был отмечен профессиональным призом Ассоциации продюсеров кино и телевидения в области телевизионного кино в номинации "Лучший актер второго плана в телевизионном фильме-сериале".
С 2020 года сотрудничает с Государственным академическим Малым театром России в Москве, на сцене которого играет роль Иоганна Вильгельма Мебиуса (пациента) в спектакле "Физики" по одноименной пьесе Фридриха Дюрренматта в постановке Алексея Дубровского.