Лучшее обследование - инструментальное, которое за счёт электрического волшебства позволит найти влагу в утеплителе без вскрытия. Но на данный момент такой hi-tech способ слишком дорогой и медленный.
Ещё обследуют тепловизором (сам грешен этим), но такой способ подходит для раннего утра после мороза (нужен контраст температур мокрого и сухого утеплителя) и способен выявить только самые явные дырки - следовательно, не надёжен. Поэтому расчехляем дедуктивные методы дедушки Холмса и приступаем к исключению наиболее вероятных причин.
Первым делом стоит обратить внимание на швы.
На наплавляемой кровле должен быть равномерный выплав вяжущего (битума, если простым языком).
На мембранной кровле выплав разглядеть сложнее, поэтому для дефектовки шва пользуются крючком.
Сильнее других от механических воздействий (усадочных движений слоёв кровли) страдают углы примыканий к вертикальным поверхностям, на фото ниже представлена попытка отремонтировать трещины жвачкой герметиком для ванной (спойлер - не помогло)
а ещё углы достойны внимания, потому что кривизна примыканий к ним прямо пропорциональна кривизне рук мастера, а ещё они страдают от удлинителей и верёвок альпинистов.
Если растения из дыр ещё не растут,
то на дырку может указать влажное пятно (а то и родник, как на фото ниже) на в целом сухой поверхности крыши.
Также закономерно дыры появляются, где чистят снег, ходят и что-нибудь монтируют.
Кроме дефектов непосредственно на слое гидроизоляции, встречаются и не столь очевидные причины, об одной из них я рассказал в статье "Почему текут крыши под витражами".