У истоков легенды находим и другие факты. Во время Конкисты среди испанцев ходил слух о том, что группа восставших инкских воинов смогла выскользнуть из рук конкистадоров и убежать в горы Венесуэлы. Повстанцы якобы забрали с собой много золота и драгоценных камней и основали новую империю. Пленные индейцы рассказывали о богатой земле, расположенной за горами, к востоку от города Кито (ныне столица Эквадора), где люди купаются в золоте. В письме к королю Испании Карлосу V конкистадор Гонсало Писарро упоминал о богатых землях у озера Эльдорадо, вероятно имея в виду церемонию племени муиски и их золотого человека. Писарро принадлежал к числу тех испанских завоевателей, которые мечтали найти легендарный затерянный город. В предании об Эльдорадо, кроме золота, испанцев интересовала корица, которую использовали индейцы. В Европе специи ценились высоко, поскольку активно использовались для сохранения продуктов (заморозка еще не была придумана), а их продажа приносила огромные доходы.
Конкистадоры узнали от местного населения, что специи выращивают племена, живущие к востоку от Кито. В феврале 1541 г. экспедиция из 220 испанских искателей приключений и 4000 индейцев-носильщиков во главе с Гонсало Писарро и лейтенантом Франциском де Орелано покинули Кито в поисках корицы и таинственного Эльдорадо. Фанатичный поиск ценностей часто сопровождался варварскими пытками. Писарро мучил индейцев до тех пор, пока они не рассказывали ему то, что он хотел узнать о спрятанном золоте и коричных деревьях. Экспедиция продвигалась вдоль рек Кока и Напо. Но продовольствие быстро заканчивалось, и вскоре более половины испанцев и 3000 индейцев умерли. В феврале 1542 г. экспедиция разделилась на две части: Франциско де Орелано взял курс вниз по Напо, а Писарро решил вернуться в Кито по суше. От Напо Орелано вышел к Амазонке и проплыл по реке до Атлантического океана, что было настоящим подвигом. Но Эльдорадо он так и не нашел.
Впрочем, испанцев это не остановило. Вожделенные золото и специи влекли путешественников. Большая часть XVI в. прошла в поисках огромных богатств. Искатели верили, что сокровища существуют и спрятаны в каком-то неведомом месте — в джунглях или горах Эквадора или Колумбии. В 1568 г. богатый исследователь и конкистадор Гонсало Хименес де Кесада получил приказ от короля Филиппа обыскать южные льяносы — обширные тропические равнины Колумбии с высокой травой. В декабре 1569 г. экспедиция из 300 испанцев и 1500 индейцев покинула столицу Колумбии Боготу и отправилась на поиски Эльдорадо. Но суровые условия унылых, полных москитов болот и пустынных равнин погубили экспедицию: три года спустя Кесада вернулся в Боготу с 64 испанцами и 4 индейцами.