16 апреля 1936 года Особое Совещание при НКВД СССР приговорило епископа Онисима к пяти годам ссылки в Северный край. Он был сослан в город Каргополь Архангельской области и поселился на его окраине в небольшом деревянном доме, в котором им была устроена домашняя церковь. Хозяева дома были глубоко верующие люди, с начала гонений принимавшие у себя ссыльное духовенство, и бывало, что здесь сразу жило по нескольку священников, которым хозяева всегда отводили отдельную комнату. Давая приют ссыльному духовенству, принимая исповедников Христовых и праведников, они, не будучи ссыльными сами, получали награду исповедников Христовых.
Недолго пришлось прожить епископу Онисиму в ссылке, поднялось очередное гонение на Церковь, и в Рождественский сочельник, 6 января 1938 года, он был арестован и заключен в тюрьму в городе Каргополе. Через все годы заключения и ссылок он пронес драгоценную для него оловянную ложку, на которой заключенными была выцарапана надпись «Епископ Онисим». За обедом он всегда пользовался ею и всегда брал ее с собой в предвидении нового следствия и заключения. Но на этот раз он не стал брать эту ложку с собой, так как понял, что конца этому следствию не будет, не будет ни заключения в лагере, ни ссылки, а будет сразу Царствие Небесное – оставалось всего лишь в последний раз потрудиться и пострадать со Христом, чтобы навечно быть с Ним.
Допрос состоялся на следующий день после ареста в самый день празднования Рождества Христова.
– Расскажите подробно следствию о вашей практической контрреволюционной деятельности.
Контрреволюционной деятельностью я не занимался и не намерен заниматься. Я был судим за рассказ о своей жизни в Соловецком лагере. В этом никакого преступления я не усматриваю, тем более что плохого я об этой жизни не говорил.
В последующие дни были вызваны два свидетеля – священник и мирянин; они показали: «В ноябре 1937 года в газете “Известия” была помещена статья под заглавием “Церковники и сектанты на службе у фашистов”. По этому поводу Пылаев заявил, что газетам современным верить нельзя, пишут разную чепуху и ложь, никаких шпионов в нашей среде нет. Все эти шпионы и диверсанты выдуманы для того, чтобы оправдать поголовные аресты населения и священнослужителей. В том же месяце Пылаев говорил, что сейчас везде советская власть проводит аресты, скоро вся Россия превратится в концлагеря, и везде подбирают нашего брата. Пылаев заявил, что у большевиков вообще антирелигиозная пропаганда характеризуется жестокостями: схватить, посадить, сослать и так далее. Пылаев по случаю награждения товарища Ежова орденом Ленина заявил, что Ежова наградили за то, что он давит нашего брата».
11 января 1938 года следствие было закончено, и епископ был переведен в тюрьму в город Архангельск. 13 января тройка НКВД приговорила владыку к расстрелу. Епископ Онисим (Пылаев) был расстрелян 27 февраля 1938 года в Архангельске и погребен в безвестной общей могиле.
Житие священномученика Онисима, епископа Тульского по ссылке: http://www.fond.ru/index.php?psx=4&menu_id=352&menu_parent_id=&name_id=207&person_id=235&flag_view=3