Как известно, останки царской семьи, а также их свиты были найдены в июле 1991 года в окрестностях Екатеринбурга под насыпью Старой Коптяковской дороги. Позже в 2007 году были найдены еще два тела - царевича Алексея и княжны Марии, в 70 метрах от первого захоронения. В 1998 тела всех найденных на тот момент членов царской семьи были торжественно захоронены в Екатерининском приделе Петропавловского собора в Петербурге. А в 2000 году император, императрица и их дети были канонизированы как страстотерпцы. Царевич Алексей и княжна Мария так и не были похоронены. Обуглившиеся кости мальчика-подростка и юной девушки несколько лет пролежали в коробке в Госархиве России по соседству с черепом Гитлера, а в 2015 году были переданы на хранение Русской православной церкви. Церковь не признает их подлинность и, соответственно, не может объявить мощами святых, поэтому останки Алексея и Марии спрятаны в 1 из московских монастырей.
Как идентифицировали останки Николая II и его семьи по ДНК.
Российские ученые проанализировали более 2000 исторических источников и провели комплексные молекулярно-генетические экспертизы. Записи в ДНК из пятен крови на сорочке Николая II , хранящейся в Эрмитаже, полностью совпала с теми, которые обнаружили в ДНК предполагаемых останков царя (Кровь попала на рубашку в результате покушения на будущего царя в 1891 году, во время поездки по Японии. Фанатик-самурай ударил его саблей по голове). И главное – в геноме предполагаемого царя обнаружилась «особая примета» - у него был не один генетический текст в митохондриальной ДНК, как это обычно бывает, а два. Они отличались друг от друга всего одной генетической буквой. Это «наследство» царь получил от матери Марии Федоровны.
Также было установлено, что те же генетические особенности , которые есть в ДНК крови и в останках царя, совпадают с особенностями всех его пятерых детей, найденных в обоих захоронениях.
По останкам Александры Федоровны проводилось 2 генетические экспертизы. Во время первого расследования сравнивали участок ДНК императрицы и внука ее сестры - принца Филиппа. ДНК из останков была сильно разрушена, и удалось прочесть лишь короткие кусочки. За последующие годы наука шагнула далеко вперед, и при второй экспертизе, ученые смогли прочитать молекулы ДНК всех членов царской семьи и сравнили тексты с теми, которые были получены у императрицы и ее детей. Все особенности ДНК полностью совпали.
Однако японские ученые не признают останки царя.
Доценты Татсуо Нагаи и Тамуо Оказаки из университета Китадзато сделали анализ пота, найденный на одежде Николая II , а также волос, ногтей и костей его младшего брата – князя Георгия Романова. Кроме того, объектом исследования стали образцы крови родного племянника императора – Тихона Куликовского-Романова. После сопоставления всех результатов ученые пришли к выводу, что останки, найденные под Екатеринбургом, не принадлежат Николаю Романову и членам его семьи. Кроме того, зафиксирован четкий исторический факт, что во время нападения на цесаревича, японским самураем были нанесены две раны: затылочно-теменная и лобно-теменная 9 и 10 см соответственно. Во время очистки затылочно-теменной раны был извлечен осколок кости толщиной с обыкновенный лист писчей бумаги. Этого достаточно для того, чтобы на голове осталась выемка – так называемая костная мозоль, которая не рассасывается. На черепе, который свердловские власти, а позднее и федеральные выдавали за череп Николая II , такой мозоли нет.
По такой же методике была проведена экспертиза другим генетиком, президентом Международной ассоциации судебных медиков – господином Бонте из Дюссельдорфа. Он доказал, что найденные останки и двойники семьи Николая II Филатовы – родственники.
После заявления японских ученых представители московской патриархии напомнили в интервью ведомству «Интерфакс», что они изначально не признавали подлинность останков, найденных под Екатеринбургом, и полученные данные лишь подтверждали их сомнения относительно аутентичности захоронений останков в фамильной усыпальнице Романовых.
В 2019 году появилась информация, что останки цесаревича Алексея и княжны Марии Романовых были уничтожены в ходе экспериментов по их идентификации, на которых настояла РПЦ.