Скорпион — это кодовое имя Ханзо Хасаши, воина из клана наёмных убийц - Ширай Рю. Он собирался покинуть клан и посвятить жизнь жене и сыну, но Старейшины клана уговорили его выполнить последнее задание: достать для колдуна Куан Чи карту из Храма Шаолинь в Китае. Также, в тайне от Ширай Рю, Куан Чи нанимает для этого же задания Саб-Зиро - воина из клана Лин Куэй. Между Ширай Раю и Лин Куэй испокон веков шло соперничество, а Ханзо и Саб-Зиро были злейшими врагами. Колдун нанял обоих на случай того, если кто-то из них не сумеет пройти все препятствия и справиться с его заданием. Однако, оба добрались до нужного места одновременно. Они не подозревали, что их обоих нанял колдун и были в ярости, встретившись у цели. Двое воинов сражались за карту и Саб-Зиро вышел победителем. Ханзо умолял оставить ему жизнь, но Саб-Зиро остался глух к его мольбам и убил воина своим коронным добиванием, вырвав ему позвоночник. Ханзо умер и его душа сошла в Нереальность. Саб-Зиро выполнил миссию колдуна, за что тот уничтожил клан Ширай Рю, устранив главных соперников Лин Куэй. Также Куан Чи убил жену и сына Скорпиона, но смысл этого жестокого преступления остается ясен только ему одному.
Тем временем Скорпиону демонами была дана возможность возвратиться к жизни, чтобы отомстить за свою смерть, но при этом он утратил память о своей семье. Позже он получил приглашение на Турнир, где также принимал участие и Саб-Зиро, которого Лин Куэй послал убить хозяина Турнира - Шанг Сунга. Ещё до начала первого турнира, Скорпион встретился с Саб-Зиро на корабле, плывущем к острову Шанг Сунга, где должен был состояться Священный Турнир Смертельной Битвы. Скорпион мог убить Саб-Зиро не дожидаясь начала Турнира, но предпочёл сразить его в честном поединке, как и было положено в Ширай Рю. Во время Турнира Скорпион не смог сразиться с Саб-Зиро, но после того, как Шаолиньский монах - Лью Канг - победил Горо, многократного Чемпиона и выиграл Смертельную Битву, спасая тем самым Земной Мир, Шанг Сунг приказал своим войскам убить семерых выживших участников, в число которых входил и Скорпион. Вместе с остальными, воин-призрак сдерживал войска колдуна, пока Лью Канг побеждал Шанг Сунга. Колдун и Горо бежали во Внешний Мир, а Скорпиону наконец-то представилась возможность отомстить Саб-Зиро. В жестоком поединке воин Лин Куэй был убит. Скорпион тоже исчез, оставив после себя только кучку пепла. В обмен на свою месть, Скорпион был обречён провести вечность в Нереальности. Однако история того турнира и Скорпиона имела массу проталин и только в МК-2011 мы узнаем, как всё было на самом деле.
Император, которому служил Шанг Сунг, был разъярен результатами Турнира. Он потребовал проведения реванша — уже на территории Внешнего Мира. Для этого он приказал полчищам таркатанов атаковать академию Ву Ши, где воспитывался Лью Канг. Земные воины отправляются во Внешний мир, чтобы найти виновных в разрушении храма Шаолинь и спасти Сонию Блейд, которая была похищена Шанг Сунгом. Так они попадают в ловушку Шао Кана и обманом принуждаются к повторному сражению, от исхода которого зависела судьба Земного Царства. Лин Куэй узнают о смерти Саб-Зиро и высылают во Внешний Мир его брата. Цель Саб-Зиро младшего оставалась прежней - уничтожение Шанг Сунга.
Скорпион с ужасом узнаёт, что Саб-Зиро каким-то образом снова появился среди живых. Одержимой жаждой мести, он снова восстал из Не-Мира, чтобы закончить начатое. Воин-призрак был свидетелем того, как ледяной ниндзя проявил милосердие и даровал побеждённому противнику жизнь. Скорпион осознал, что это не тот Саб-Зиро, который когда-то убил его. Вместе, они присоединились к воинам Земли и победили Императора и его пешек. Земное Царство было спасено, а Скорпион вновь оказался в Нереальности.
Шао Кан делает неудачную попытку подчинить себе Нижний Мир и похитить оттуда все проклятые души. Образовавшаяся лазейка становится спасением Скорпиона и он покидает мир нежити, обретая полную свободу. Шао Кан вторгается в Земное Царство и похищает души всех людей, кроме горстки избранных, чьи души успевает спасти Лорд Рейден. Земной Мир начинает сливаться с Внешним, а Кан посылает за Земными Защитниками карательные отряды. Заметив Скорпиона, Император предлагает ему службу. Воин-призрак соглашается с предложением Кана и получает приказ найти и уничтожить всех выживших воинов Земли, но его альянс с Императором разрушается, как только он обнаруживает, что одним из избранных является Саб-Зиро младший. Скорпион предает своего нового повелителя и вновь присоединяется к воинам Земли. Угроза Шао Кана вновь была устранена, но воин Преисподней вновь оказался в Аду, в котором видит сильные изменения.
Правитель Нереальности - Люцифер - был свержен Лордом Шинноком. Власть над Нижним Миром теперь принадлежала Братству Тени, в ряду которых Скорпион узнаёт своего старого знакомого - кудесника Куан Чи. Некромант предлагает воину-призраку службу у Шиннока, обещая в награду свободу. Он рассказывает Скорпиону о гибели его семьи и уничтожении Ширай Рю, убеждая его в том, что повинен в этом никто иной, как Саб-Зиро младший. Воин Преисподней был в ярости, осознавая, что помогал убийце своей семьи и собратьев по клану. Он клянётся отомстить Саб-Зиро и вскоре получает такую возможность, когда Лорд Шиннок вырывается из Нереальности. Падший бог начинает войну против Старших богов, а его союзники вступают в бой с Земными Защитниками, в число которых входил и Саб-Зиро.
Скорпион настигает ледяного воина, но тому удается убедить разъярённого призрака в своей невиновности, а появление Куан Чи ставит всё на свои места. Теперь он точно знает, что Куан Чи - убийца его семьи.
Разоблаченный маг предпринял попытку отправить Скорпиона на 5-й уровень Небытия, но столкнувшись лицом к лицу, они оба оказываются там.
С помощью демонов Молоха и Драмина Куан Чи удалось избежать расправы Скорпиона и вырваться из Небытия. Вернувшись во Внешний мир, кудесник случайно находит древнюю забытую армию Короля Драконов и позже заключает союз с колдуном Шанг Сунгом. Вместе они убивают Шао Кана и Лью Канга, единственных, кто мог помешать им возродить великую армию и захватить власть во всех Царствах. Скорпион вырывается из Нереальности и начинает охоту на своего врага. Поиски приводят воина-призрака во дворец Шанг Сунга. В своём стремлении сразиться с Куан Чи, Скорпион был атакован двумя демонами, с которыми он уже встречался в глубинах Нереальности.
Драмин и Молох сразили воина и бросили в колодец душ. Ниндзя-призрак безусловно был бы разорван на куски заключёнными там душами, если бы ему не удалось скрыться в вакууме. Там он впервые встретился с мифическими Старшими богами и эта встреча изменит его навсегда.
Между тем, воины Земного Царства ведут сражение против Смертельного Альянса, но вскоре погибают в битве с таркатанской ордой. Рейден решил сразится с двумя могущественными колдунами в одиночку. Несмотря на все свои усилия, бог Грома не смог одолеть мощь Шанг Сунга и Куан Чи и был повержен. После победы на Рейденом, колдуны начали сражаться друг с другом за контроль над Магическим Амулетом, из-за которого когда-то и был убит Скорпион. В схватке победил Куан Чи, но его триумф был недолгим. Во дворце появился Король Драконов. Куан Чи, вместе с Шанг Сунгом и Рейденом попытались остановить Онагу, но всё было бесполезно. Рейден понял, что даже их совместных усилий недостаточно, чтобы остановить восставшего из пепла Короля Драконов. Громовержец высвободил свою божественную сущность, взорвав себя и весь дворец Сунга. К сожалению, акт самопожертвования Рейдена оказался напрасным - взрыв никак не повлиял на Короля Драконов и тот смог забрать амулет Шиннока себе. Онага продолжил своё дело по объединению все миров в одну Империю.
Драмин и Молох сразили воина и бросили в колодец душ. Ниндзя-призрак безусловно был бы разорван на куски заключёнными там душами, если бы ему не удалось скрыться в вакууме. Там он впервые встретился с мифическими Старшими богами и эта встреча изменит его навсегда.
Между тем, воины Земного Царства ведут сражение против Смертельного Альянса, но вскоре погибают в битве с таркатанской ордой. Рейден решил сразится с двумя могущественными колдунами в одиночку. Несмотря на все свои усилия, бог Грома не смог одолеть мощь Шанг Сунга и Куан Чи и был повержен. После победы на Рейденом, колдуны начали сражаться друг с другом за контроль над Магическим Амулетом, из-за которого когда-то и был убит Скорпион. В схватке победил Куан Чи, но его триумф был недолгим. Во дворце появился Король Драконов. Куан Чи, вместе с Шанг Сунгом и Рейденом попытались остановить Онагу, но всё было бесполезно. Рейден понял, что даже их совместных усилий недостаточно, чтобы остановить восставшего из пепла Короля Драконов. Громовержец высвободил свою божественную сущность, взорвав себя и весь дворец Сунга. К сожалению, акт самопожертвования Рейдена оказался напрасным - взрыв никак не повлиял на Короля Драконов и тот смог забрать амулет Шиннока себе. Онага продолжил своё дело по объединению все миров в одну Империю.
Лорд Рейден погибает от рук Шао Кана, впитавшего в себя всю силу Блейза, но перед своей смертью бог Грома успевает отправить самому себе в прошлое послание, которое должно навсегда изменить будущее. История отматывает время на 10 лет назад. Десятый Турнир Смертельной Битвы, в котором Лью Канг должен стать Чемпионом. Новая, немного переписанная история исправляет ошибки прошлого и заполняет все те пробелы в биографии Скорпиона, которые так часто возникали у многих его поклонников. Теперь мы знаем, что Скорпион возродился не сам по себе - ему помог никто иной, как Куан Чи. Скорпион не знал о том, что именно колдун из Нереальности несет ответственность за гибель его семьи и клана. Кудесник убедил воина-призрака, что Лин Куэй повинны в уничтожении Ширай Рю, а Саб-Зиро лично убил его жену и ребёнка. Куан Чи предложил Скорпиону отомстить, но прежде - он должен подчиниться ему и следовать беспрекословно его приказам.
Скорпиону было приказано принять участие в Турнире "Смертельная Битва". Он выступал на стороне Внешнего мира. Желание поскорее встретиться лицом к лицу со своим убийцей помогло ему одолеть шамана Ночного Волка и воина Шао Линь - Кунг Лао. Также ему пришлось сражаться с Сектором и Сайраксом, которые также, как и он, выступали на стороне Шанг Сунга. Видимо Императорский архмаг хотел проверить воина Нереальности, чтобы убедиться окончательно в его способностях. Тем не менее Скорпион справился и с ними, наказав их за слова, сказанные в адрес его клана. Награда была в его руках - появился Саб-Зиро. Скорпион жаждал мести, но тут он увидел Рейдена, который покачал головой. Часами ранее бог Грома выразил ему, как он сожалеет о его смерти и смерти его близких. Он посоветовал ему не держаться за прошлое и попробовать найти покой, а также убедил в том, что месть не даст ему ничего, кроме ужасного нового врага, которым может стать Саб-Зиро после смерти.
Скорпиону было приказано принять участие в Турнире "Смертельная Битва". Он выступал на стороне Внешнего мира. Желание поскорее встретиться лицом к лицу со своим убийцей помогло ему одолеть шамана Ночного Волка и воина Шао Линь - Кунг Лао. Также ему пришлось сражаться с Сектором и Сайраксом, которые также, как и он, выступали на стороне Шанг Сунга. Видимо Императорский архмаг хотел проверить воина Нереальности, чтобы убедиться окончательно в его способностях. Тем не менее Скорпион справился и с ними, наказав их за слова, сказанные в адрес его клана. Награда была в его руках - появился Саб-Зиро. Скорпион жаждал мести, но тут он увидел Рейдена, который покачал головой. Часами ранее бог Грома выразил ему, как он сожалеет о его смерти и смерти его близких. Он посоветовал ему не держаться за прошлое и попробовать найти покой, а также убедил в том, что месть не даст ему ничего, кроме ужасного нового врага, которым может стать Саб-Зиро после смерти.
Боль и ярость в душе Скорпиона оказались сильнее здравого смысла. Саб-Зиро пытался убедить Скорпиона в том, что он не имеет к этому отношения, но призрак не желал его слушать... Скорпион вернулся в Тронный зал Шанг Сунга, где все ждали исхода испытания. Скорпион поднял вверх обожженный череп Саб-Зиро и опустил глаза, дабы не встретиться взглядом с Рейденом. Только Лорд Рейден смог увидеть луч света в той Тьме, что таилась в душе Скорпиона, но Куан Чи сумел погасить и его. Скорпион удалился в Нереальность, дожидаясь новых приказов своего хозяина. Совсем скоро на поиски Саб-Зиро пришли Смоук и Тундра. Они нашли путь во Внешний мир, чтобы найти Шанг Сунга и узнать правду о гибели Саб-Зиро, чьё имя теперь носил Тундра в знак памяти о своём родном брате. Саб-Зиро младший пришел в Колизей Кана и потребовал того, кто убил его старшего брата. После схватки с Рептилией, Кан дал своё согласие и Куан Чи призвал Скорпиона. Бой был жестокий. В оригинальной версии сюжета они должны были стать союзниками, но теперь будущее сильно изменилось. Их бой прервался из-за появления Сектора и Сайракса. Киборги присягнули в службе Шао Кану и забрали Саб-Зиро для дальнейшего преобразования в киборга.
В следующий раз Скорпион появляется, когда Рейден спускается в Нереальность. Он искал Куан Чи. Встретив Скорпиона, он снова сожалел о том, что его душа находится в аду. Он знал, что неприкаянный призрак - жертва обмана, но Скорпион был настроен крайне недружелюбно. После схватки Скорпион был повержен и позвал своего господина.