Строительство бригантин и галер началось в городе Таврове еще в 1723 году, но после смерти Петра I было прекращено.
Историческая справка: город Тавров был основан в 1700 году Петром Великим.
С 1733 года строительство возобновилось. В 1734 году были спущены на воду 15 прамов, 35 галер, 59 ботов и шлюпок. В сентябре 1735 года, командующим флотилией был назначен контр-адмирал П. П. Бредаль.
19 марта 1736 года часть войск Донской армии приступила к блокаде турецкой крепости Азов (гарнизон 5,9 тыс. человек). В конце апреля к Азову прибыли главные силы армии и суда флотилии, доставившие артиллерию и другие грузы. 8 мая началась осада крепости. За восемь дней с кораблей было выпущено более 6400 снарядов, причинивших значительные разрушения. В июне под Азовом было сосредоточено около 28 тыс. войск 146 орудий. Флотилия к этому времени насчитывала 9 больших 44-ушечных прамов, 6 малых 8-пушечных прамов, 35 галер и 29 малых судов (всего 2,2 тыс. человек).
Прам – крупное плоскодонное артиллерийское парусно-гребное судно, применявшиеся в качестве плавучей батареи. Также в России прамамаи называли вспомогательные суда, использовавшие для конопачения судов, перевозки грузов и других портовых работ.
Турция прислала на помощь гарнизону отряд кораблей, однако из-за мелководья они не смогли войти в устье Дона, а Донская флотилия не допустила перевозки, подкреплений в крепость на гребных судах. Отряд турецких кораблей ушел, не выполнив своей задачи. 19 июня 1736 году гарнизон Азова капитулировал.
В 1737 году флотилия содействовала Донской армии (около 40 тыс. человек) генерал-фельдмаршал П.П. Ласси, направленной для предотвращения захвата турками Крыма. Флотилия (449 лодок) с 10,6 тыс. войск с боеприпасами и продовольствием 19 мая вышла из Таганрога. Переправив через реку Кальмиус 14 пехотных полков, 30 мая двинулась вдоль побережья Азовского моря к Геничи (город Геническ), прикрывая армию с моря и доставляя ей провиант и снаряжение. По наплавному мосту, наведенному флотилией через Сиваш, 27 июня войска переправились на Арабатскую стрелку и двинулись в Крым. Флотилия обеспечивала войска продовольствием и питьевой водой.
27 июня 1736 года отряд турецких кораблей (2 линейных корабля, фрегат, 15 галер и несколько судов) подошел к якорной стоянке флотилии и обстрелял русский лагерь. 30 июня турецкие гребные суда под прикрытием огня кораблей пытались подойти к берегу, но огонь русских батарей вынудил турок отказаться от высадки десанта.
Донская флотилия сыграла важную роль в обеспечении русской армии. 26 августа дважды успешно отразив атаки турецких кораблей, она возвратилась в Азов для зимней стоянки.
18 апреля 1738 года флотилия (100 лодок), приняв десант и грузы, вышла из Азова к Геничи для содействия армии Ласси. В начале июня 16 турецких кораблей пытались окружить русскую флотилию у Федотовой косы. Однако под прикрытием казачьего отряда и береговых батарей, матросы прорыли косу-ров, по котором v перевели лодки, и продолжили путь к Геничи. 15 июня отряд турецких кораблей (7 линейных кораблей и фрегат, 15 галер, более 100 гребных судов) заблокировал русскую-флотилию, но контр-адмирал Бредаль приказал вытащить лодки на отмель и занять оборону на берегу. Огнем орудий атаки турок были отбиты. 15 июля русские сожгли свои лодки и забрав орудия, сухим путем вернулись в Азов. Отсутствие флотилии лишило армию Ласси связи с базой, ухудшилось ее снабжение и армия была вынуждена оставить Крым.
После заключения мирного договора с Турцией Донская флотилия 15 октября 1739 года была упразднена.
Вновь флотилия была создана в начале русско-турецкой войны 1768 года (132 судна). Под командованием вице-адмирала А. Н. Сенявина она успешно сражалась с турецким флотом на Азовском и Черном морях: взаимодействовала с сухопутными войсками при взятии Керчи и Еникале, отразила попытки турок высадить десант в Крыму. В 1783 году флотилия была расформирована, а ее корабли переданы созданному в мае того же года Черноморскому флоту.