Все дело в недостаточной подготовке к бегу.
Прежде всего, при беге усиливается кровоток, и кровь из "резерва" нашего организма начинает поступать к работающим мышцам. Если вы начинаете бежать без предварительной разминки, кровь не успевает равномерно перераспределиться. Страдают от этого органы брюшной полости — печень и селезенка. Они переполняются кровью и давят на собственную оболочку, из-за этого вы испытываете боль.
Если болит в правом боку — дело в печени, если в левом — в селезенке.